Phân bón cung cấp dinh dưỡng cho cây trồng nhưng cũng có thể gây tác động xấu tới môi trường nếu sử dụng không hợp lý.

Xét về tỷ lệ sử dụng phân bón cho các nhóm cây trồng khác nhau cho thấy tỷ lệ phân bón sử dụng cho lúa chiếm cao nhất đạt trên 65%, các cây công nghiệp lâu năm chiếm gần 15%, ngô khoảng 9% phần còn lại là các cây trồng khác.
 
 
Trong số phân bón chưa được cây sử dụng, một phần còn lại ở trong đất, một phần bị rửa trôi theo nước mặt do mưa, theo các công trình thuỷ lợi ra các ao, hồ, sông suối gây ô nhiễm nguồn nước mặt. Một phần bị rửa trôi theo chiều dọc xuống tầng nước ngầm và một phần bị bay hơi do tác động của nhiệt độ hay quá trình phản nitrat hoá gây ô nhiễm không khí. Trong số đó phân do sản xuất lúa gây ra đối với việc ô nhiễm môi trường là vấn đề đáng được quan tâm nhất, vì hàng năm một lượng lớn phân bón được dành cho sản xuất lúa.
 
 
Theo các nhà khoa học, nếu bón dư thừa các yếu tố dinh dưỡng trên cây lúa sẽ gây nên hiện tượng lúa lốp, tăng quá trình cảm nhiễm với sâu bệnh, dễ bị đổ ngã. Biểu hiện của việc bón dư thừa đạm qua quan sát bằng mắt thường cho thấy màu lá cây thường xanh mướt hoặc nếu quá dư thừa thì lá màu xanh đậm.
 
 
Hiện nay, với kỹ thuật sử dụng phân bón lá các loại phân bón vi lượng trong đó có Cu và Zn được bón trực tiếp cho cây dưới dạng Chelate (dạng mạch vòng) hoặc kết hợp với các chất mang khác để quá trình hấp thu vào cây được nhanh và thuận lợi, nâng cao hiệu quả sử dụng phân bón. Tuy nhiên nếu sử dụng cho các loại cây rau ăn lá, cho chè và các loại quả không có vỏ bóc mà không chú ý tới thời gian cách ly và liều lượng sử dụng theo đúng quy thì các yếu tố dinh dưỡng trên lại trở thành các yếu tố độc hại cho người tiêu dùng.
 
 
Ngay trong bản thân một số loại phân bón đã có chứa một số chất gây độc hại cho cây trồng và cho con người như các kim loại nặng hoặc các vi sinh vật gây hại, các chất kích thích sinh trưởng khi vượt quá mức quy định. Theo quy định hiện hành, các loại kim loại nặng có trong phân bón gồm Asen (As), Chì (Pb), Thuỷ ngân (Hg) và Cadimi (Cd); các vi sinh vật gây hại có trong phân bón gồm: E. Coli, Salmonella, Coliform là những loại gây nên các bệnh đường ruột nguy hiểm.
 
 
Dư thừa đạm trong đất hoặc trong cây đều gây nên những tác hại đối với môi trường và sức khoẻ con người. Do bón quá dư thừa hoặc do bón đạm không đúng cách đã làm cho Nitơ và phospho theo nước xả xuống các thủy vực là nguyên nhân gây ra sự ô nhiễm cho các nguồn nước. Các chất gây ô nhiễm hữu cơ bị khử dần do hoạt động của vi sinh vật, quá trình này gây ra sự giảm oxy dưới hạ lưu. Đạm dư thừa bị chuyển thành dạng Nitrat (NO3-) hoặc Nitrit (NO2-) là những dạng gây độc trực tiếp cho các động vật thuỷ sinh, gián tiếp cho các động vật trên cạn do sử dụng nguồn nước (Tabuchi and Hasegawa, 1995). Đặc biệt gây hại cho sức khoẻ con người thông qua việc sử dụng các nguồn nước hoặc các sản phẩm trồng trọt, nhất là các loại rau quả ăn tươi có hàm lượng dư thừa Nitrat.
 
 
Phân bón vừa cung cấp dinh dưỡng cho cây trồng, làm tăng độ mầu mỡ của đất, trái lại cũng có thể gây tác động xấu tới môi trường nếu không có biện pháp quản lý sản xuất, kinh doanh và sử dụng hợp lý. Do vậy cần tăng cường hơn nữa công tác kiểm tra, giám sát, đặc biệt cần giám sát chặt ngay từ khâu sản xuất, nhập khẩu và trong quá trình sử dụng.
 
 
Để hạn chế tối đa lượng phân bón dư thừa trong đất, cần triển khai hiệu quả chương trình 3 giảm (giảm lượng phân đạm, giảm thuốc bảo vệ thực vật, giảm lượng giống gieo trồng) để đạt 3 tăng (tăng năng suất, tăng chất lượng sản phẩm, tăng hiệu quả kinh tế). Cùng với đó, ngành Nông nghiệp, các địa phương hướng dẫn nông dân sử dụng phân bón hợp lý theo nguyên tắc “4 đúng” (đúng chủng loại, đúng liều lượng, đúng thời gian, đúng phương pháp) nhằm cung cấp đầy đủ chất dinh dưỡng cần thiết để cây trồng cho năng suất, chất lượng tốt, tăng độ phì nhiêu cho đất.