Gây ô nhiễm môi trường nước chủ yếu từ các doanh nghiệp chế biến thủy sản, do phần lớn đều được tập trung ở một số vị trí như hạ lưu các con sông với mật độ dày đặc và sản lượng chế biến lớn. Bên cạnh đó là công nghệ chế biến còn thô sơ, đối với các doanh nghiệp xuất khẩu sản phẩm thô thì chỉ sử dụng khoảng 60% cho xuất khẩu, còn lại thì vứt bỏ hoặc sử dụng không hiệu quả dễ gây ô nhiễm môi trường.
 
 
Tại một số nhà máy chế biến hải sản, nước thải chủ yếu được phát sinh trong quá trình rửa sạch và sơ chế nguyên liệu. Do sự đa dạng về chủng loại, hình thức chế biến nên các thành phần trong nước thải của ngành thủy hải sản hết sức phức tạp và chứa nhiều chất gây ô nhiễm môi trường.
 
 
Nước thải trong quá trình chế biến thường có các mảnh thịt vụn, máu và nội tạng của các loại thủy sản, ngoài ra còn có các loại vảy cá, xương và mỡ cá,… vì thế nước thải thường có mùi hôi, tanh. Sẽ thật nguy hiểm cho nguồn nước tự nhiên nếu nước thải được xả ra môi trường mà không được xử lý trước.
 
 
Nước thải thủy sản được thể hiện qua các chỉ tiêu SS, BOD, COD, NP, dầu mỡ, máu. Đặc biệt là trong nước thải thủy sản chứa lượng SS khá cao do trong quá trình chế biến loại bỏ các bộ phận của nguyên liệu như: vỏ tôm, vây, mang, đầu cá và dầu mỡ (trong chế biến cá basa).
 
 
Ngoài các doanh nghiệp hoạt động trong khu công nghiệp tập trung thì có rất nhiều cơ sở chế biến nhỏ lẻ nằm lẫn trong các khu dân cư cũng góp phần không nhỏ gây ô nhiễm. Các cơ sở này thường không được đầu tư nhiều về máy móc lẫn công nghệ, và thường bị phát hiện xả thải trực tiếp ra môi trường.
 
 
Tại Thanh Hóa, theo số liệu thống kê của Chi cục Phát triển Nông thôn (Sở NN&PTNT tỉnh), tính đến hết năm 2015, toàn tỉnh có 81 doanh nghiệp, trên 1.000 cơ sở, hộ gia đình chế biến, kinh doanh thủy sản. Tại 6 huyện vùng ven biển (Tĩnh Gia, Quảng Xương, Sầm Sơn, Hoằng Hóa, Hậu Lộc, TX Sầm Sơn) có tới 17 làng nghề, 220 cơ sở sản xuất kinh doanh, chế biến thủy hải sản. Các cơ sở chủ yếu sản xuất, chế biến nước mắm, dạng mắm; bột cá; hàng đông lạnh; hàng khô; cá hấp và sản phẩm thủy sản khác…Trong số đó, huyện Tĩnh Gia là địa bàn có số lượng doanh nghiệp và các cơ sở, hộ chế biến nhiều nhất.
 
 
Tình trạng ô nhiễm môi trường từ các cơ sở chế biến thủy, hải sản của tỉnh ngày càng trở nên trầm trọng do hầu hết hoạt động chế biến thủy sản trên địa bàn tỉnh có quy mô nhỏ, phần lớn là hoạt động xen kẽ trong khu dân cư với trình độ sản xuất thấp, sản xuất thủ công. Bên cạnh đó là ý thức về việc BVMT của các chủ cơ sở còn thấp, nên ô nhiễm môi trường ở lĩnh vực này đang có xu hướng gia tăng.
 
 
Bên cạnh đó, tình trạng ô nhiễm từ các điểm sơ chế hải sản tươi ngay tại bờ biển, thậm chí sát mép đã và đang là thực trạng đáng lo ngại ở một số địa phương ven biển. Hầu hết các điểm sơ chế vô tư xả trực tiếp nước thải ra bờ biển. Việc nước thải từ sơ chế hải sản tươi hằng ngày được xả thẳng ra môi trường đã gây ra tình trạng ô nhiễm về không khí, nước biển và khu vực bãi biển… Đặc biệt vào những ngày nắng, khô, mùi hôi thối theo gió bốc lên gây ảnh hưởng nghiêm trọng vào khu dân cư.
 
 
Kết quả quan trắc môi trường tại một số cơ sở và hộ gia đình tại huyện Tĩnh Gia như: Công ty XNK chế biến thủy sản Thanh Hóa, Công ty cổ phần xuất nhập khẩu thủy sản Đức Quý, Công ty cổ phần Sông Việt Thanh Hóa, Công ty Long Hải… của Sở TN&MT tỉnh Thanh Hóa cho thấy: Chất lượng nước thải có các chỉ tiêu vượt QCVN như: SS vượt QCVN 1,03 - 1,81 lần; COD vượt QCVN 1,02 - 4,45 lần; BOD5 vượt QCVN 1,4 - 5,23 lần; Sunfua vượt QCVN 1,05 - 2,03 lần; NO2- vượt 7,5 lần; Photpho vượt QCVN 1,14 lần; Coliform vượt QCVN 1,18 - 4,78 lần..
 
 
Tại phường Mũi Né, TP. Phan Thiết, Bình Thuận, tình trạng ô nhiễm môi trường do hoạt động sản xuất cá cơm trên địa bàn kéo dài trong nhiều năm liền. Với 118 hộ tham gia chế biến hải sản, trong đó khoảng 100 hộ chuyên về cá cơm, các lò hấp cá ở đây ngun ngút khói gần như quanh năm.
 
 
Theo tính toán của các hộ chế biến cá cơm tại Mũi Né, mỗi ngày một cơ sở có quy mô nhỏ sẽ thải nước đã qua chế biến ra môi trường bình quân khoảng 7m³, ở những cơ sở lớn khoảng 15m³. Như vậy, với 100 hộ đang hoạt động ở nhóm nghề này thì lượng nước thải tương ứng ra môi trường bình quân hơn 1.000m³. Trong khi đó, toàn phường hiện chưa có khu xử lý nước thải đạt chuẩn nên tình trạng ô nhiễm môi trường, đặc biệt là nguồn nước ngầm diễn ra xuyên suốt trong nhiều năm qua.
 
 
Theo thống kê, trong lĩnh vực chế biến thủy sản hiện vẫn có đến 16% cơ sở chế biến tập trung chưa có hệ thống xử lý nước thải. Trong đó, một số cơ sở chưa có đủ 5 công đoạn quan trọng trong hệ thống xử lý nước thải gồm: bể tuyển nổi (dùng để tách dầu, mỡ), bể điều hòa, bể sinh học kỵ khí, bể sinh học bùn hoạt tính và bể khử trùng. Do đó, hiệu quả xử lý ô nhiễm môi trường còn thấp.
 
 
Để hạn chế và khắc phục tình trạng ô nhiễm như hiện nay, cần nâng cao nhận thức của từng người dân, cán bộ quản lý đơn vị kết hợp với tiếp thu các công nghệ xử lý nước thải cho ngành chế biến thủy sản. Các nhà máy sản xuất cần áp dụng các công nghệ tiên tiến, các cơ sở chế biến nhỏ lẻ cần tìm hiểu và tham khảo các giải pháp sử dụng vi sinh xử lý nước thải để giảm mức độ ô nhiễm của nước thải đầu ra, qua đó phần nào hạn chế được ô nhiễm nguồn nước.