Cách bón phân hiện nay chủ yếu là bón vãi trên mặt đất, phân bón ít được vùi vào trong đất. Nếu bón phân vào đất, được vùi lấp cẩn thận thì các keo đất sẽ giữ lại các chất dinh dưỡng và nhả ra từ từ tuỳ theo yêu cầu của cây trồng theo từng thời kỳ sinh trưởng của cây, giúp hạn chế sự mất dinh dưỡng, tăng hiệu suất sử dụng phân bón và giảm bớt ô nhiễm môi trường. Các nghiên cứu cho thấy việc bón phân có vùi lấp làm tăng hiệu suất sử dụng phân bón của cây trồng có thể đạt được từ 70-80% so với bón rải trên bề mặt chỉ đạt được từ 20-30%.
 
 
Phần lớn bà con nông dân sử dụng phân đạm (urê) là chính với số lượng lớn... mà không cân đối với kali, lân… Theo tính toán, bình quân nông dân nước ta hiện nay sử dụng khoàng 125kg đạm nguyên chất và 80 kg lân nguyên chất cho mỗi ha canh tác. Về tỷ lệ sử dụng phân bón cho các nhóm cây trồng khác nhau cho thấy tỷ lệ phân bón sử dụng cho lúa chiếm cao nhất đạt trên 65%, các cây công nghiệp lâu năm chiếm gần 15%, ngô khoảng 9% phần còn lại là các cây trồng khác.
 
 
Hiện nay hiệu suất sử dụng phân đạm mới chỉ đạt từ 30-45%, lân từ 40-45% và kali từ 40-50%, tuỳ theo chân đất, giống cây trồng, thời vụ, phương pháp bón, loại phân bón… Như vậy, còn 60 - 65% lượng đạm tương đương với 1,77 triệu tấn urê, 55 - 60% lượng lân tương đương với 2,07 triệu tấn supe lân và 55-60% lượng kali tương đương với 344 nghìn tấn Kali Clorua (KCl) được bón vào đất nhưng chưa được cây trồng sử dụng.
 
 
Về mặt kinh tế, khoảng 2/3 lượng phân bón hàng năm cây trồng chưa sử dụng được đồng nghĩa với việc 2/3 lượng tiền người nông dân bỏ ra mua phân bón bị lãng phí, với tổng thất thoát lên tới khoảng 30 nghìn tỷ đồng tính theo giá phân bón hiện nay.
 
 
Trong số phân bón cây không sử dụng được, một phần còn được giữ lại trong các keo đất là nguồn dinh dưỡng dự trữ cho vụ sau; một phần bị rửa trôi theo nước mặt và chảy vào các ao, hồ, sông suối gây ô nhiễm nguồn nước mặt; một phần bị trực di (thấm rút theo chiều dọc) xuống tầng nước ngầm và một phần bị bay hơi do tác động của nhiệt độ hay quá trình phản nitrat hóa gây ô nhiễm không khí…
 
 
Ngay trong bản thân một số loại phân bón đã có chứa một số chất gây độc hại cho cây trồng và cho con người như các kim loại nặng hoặc các vi sinh vật gây hại, các chất kích thích sinh trưởng khi vượt quá mức quy định. Theo đó, các loại kim loại nặng có trong phân bón: gồm Asen (As), Chì (Pb), Thuỷ ngân (Hg) và Cadimi (Cd); các vi sinh vật gây hại có trong phân bón gồm: E. Coli, Salmonella, Coliform là những loại gây nên các bệnh đường ruột nguy hiểm.
 
 
Các phân tích đã chỉ ra, trong nguyên liệu sản xuất phân lân có chứa 3% Flo. Khoảng 50 - 60% lượng Flo này nằm lại trong phân bón. Khi bón nhiều phân lân sẽ làm tăng hàm lượng Flo trong đất và sẽ làm ô nhiễm đất khi hàm lượng của nó đạt tới 10 mg/1kg đất. Flo trong đất sẽ được tích lũy bởi thực vật, Flo gây độc cho người và gia súc, kìm hãm hoạt động của một số enzyme, ngăn quá trình quang hợp và tổng hợp protein ở thực vật.
 
 
Khi bón đạm cho cây trồng, cây chỉ sử dụng được 40 - 60%, phần còn lại nằm trong đất và gây ô nhiễm đất. Các nhà nghiên cứu về dinh dưỡng cây trồng thường nói đến ảnh hưởng xấu của hàm lượng nitrat quá cao trong nông sản có thể gây ung thư.
 
 
Các loại phân hóa học do nguồn nguyên liệu và quá trình sản xuất có khi chứa các loại kim loại nặng, các kim loại này được cây trồng hấp thụ và tích lũy trong sản phẩm. Người và gia súc dùng sản phẩm chứa các kim loại này lâu ngày sẽ bị nhiễm độc.
 
 
Phân vô cơ có nhiều tác dụng, là yếu tố cần thiết cho thâm canh tăng năng suất, thiếu phân vô cơ sẽ không thể cho năng suất cây trồng cao. Tuy nhiên, nếu áp dụng không đúng kỹ thuật, trong phân chuồng, phân bắc chưa hoai mục có chứa nhiều mầm bệnh cho người và gia súc và còn có thể gây hại cho rễ cây vì thế bón phân chuồng khi chưa hoai mục sẽ phản tác dụng.
 
 
Nguyên nhân của tình trạng này là do tập quán canh tác, do chưa được đào tạo, tập huấn nên rất nhiều nông dân hiện nay bón phân chưa đúng lượng và đúng cách.
 
 
Để hạn chế tối đa lượng phân bón dư thừa trong đất do bón phân quá liều, có thể áp dụng các giải pháp kỹ thuật như: Sử dụng các loại phân bón dạng chậm tan để cây trồng sử dụng một cách từ từ tăng hiệu suất sử dụng chất dinh dưỡng, giảm chi phí, giảm ô nhiễm môi trường; triển khai chương trình 3 giảm (giảm lượng đạm bón, giảm thuốc bảo vệ thực vật, giảm lượng hạt giống gieo đối với các tỉnh phía Nam hoặc giảm lượng nước tưới đối với các tỉnh phía Bắc) 3 tăng (tăng năng suất, tăng chất lượng sản phẩm và tăng hiệu quả kinh tế), bón phân theo bảng so màu, tiết kiệm tối đa lượng đạm bón nhưng vẫn đem lại năng suất cao; thực hiện bón phân cân đối, tổ chức hướng dẫn sử dụng phân bón hợp lý theo nguyên tắc “năm đúng” (đúng loại phân, đúng lúc, đúng đối tượng, đúng thời vụ, đúng cách bón) sẽ góp phần tăng hiệu suất sử dụng phân bón, tránh lãng phí và giảm ô nhiễm môi trường.
 
 
Thời gian gần đây, “Phân sinh học (Biofertilizers)” đã thu hút được nhiều quan tâm của các nhà khoa học, nhà nông học. Phân sinh học với chi phí sản xuất thấp, thân thiện với môi trường, đặc biệt với những chủng vi sinh vật được lựa chọn có lợi trong đất sẽ giúp cung cấp đầy đủ các nhu cầu dinh dưỡng khoáng chất của cây, giúp cây trồng sinh trưởng và phát triển một cách vững bền. Các loại phân bón sinh học gồm: Phân bón sinh học cố định đạm, phân bón sinh học phân giải lân, phân bón sinh học di chuyển lân, phân bón sinh học cung cấp dinh dưỡng khoáng vi lượng, vi khuẩn rễ có khả năng sản xuất kích thích tố tự nhiên.
 
 
Liều dùng cho phân bón sinh học tùy vào loại phân, đất canh tác, kinh nghiệm canh tác và loại cây trồng. Phân bón sinh học rất thích hợp khi bổ sung vào đầu giai đoạn trồng tức là bón lót hoặc sau mỗi vụ thu hoạch nhằm tăng khả năng ra rễ; giải độc cho đất, phòng bệnh cho rễ cây cũng như giúp bổ sung lại lượng vi sinh vật đã mất trong quá trình canh tác.