Tuy nhiên, mặt chưa được của chăn nuôi đó là vấn đề ô nhiễm môi trường. Cộng đồng khoa học trong và ngoài nước đã chỉ rõ gây ô nhiễm môi trường lớn nhất trong nông nghiệp ở Việt Nan là từ trồng trọt và chăn nuôi. Theo báo cáo của Tổ chức Nông Lương Thế giới (FAO), chất thải của gia súc toàn cầu tạo ra 65% lượng Nitơ oxit (N2O) trong khí quyển. Đây là loại khí có khả năng hấp thụ năng lượng mặt trời cao gấp 296 lần so với khí CO2. Cùng với các loại khí khác như CO2, CH4 gây nên hiệu ứng nhà kính làm trái đất nóng lên.



Hiện tại, tình trạng chăn nuôi gây ô nhiễm môi trường xảy ra khá phổ biến trên khắp mọi miền đất nước, nguyên nhân chính là khâu xử lý chất thải không được thực hiện hoặc thực hiện nhưng không đúng yêu cầu. Đặc biệt ở các vùng nông thôn khi mà ý thức bảo vệ môi trường còn chưa được nâng cao, chất thải chăn nuôi được thải trực tiếp ra ruộng lúa, kênh, rạch, ao, hồ, sông, suối. Làm ô nhiễm nghiêm trọng tới môi trường đất, nước, không khí. Nếu khu vực chăn nuôi nằm trong lòng hoặc gần khu dân cư sẽ gây ảnh hưởng rất lớn tới sức khỏe con người, nhất là các vấn đề về hô hấp, tiêu hóa.



Với sự phát triển chăn nuôi lợn trên nhiều tỉnh thành theo hướng trang trại công nghiệp và bán công nghiệp như hiện nay, việc xử lý nước thải sau chăn nuôi lợn là vấn đề cần phải lưu ý và quan tâm. Vì nước thải trong chăn nuôi heo thường có mùi hôi thối, các chất tạo mùi thường có sẵn trong nước hoặc do vi sinh vật tạo thành từ các chất hữu cơ, nước thải càng thiếu oxy thì các chất tạo mùi được hình thành càng nhiều.



Nước thải trong chăn nuôi heo bao gồm nước tắm rửa, vệ sinh chuồng trại gia súc, máng ăn, máng uống… là loại nước gây ô nhiễm nặng nhất vì nó có chứa các chất vô cơ, hữu cơ, khoáng chất… Hàm lượng chất hữu cơ trong nước thải chăn nuôi heo chiếm khoảng 70- 80 %, bao gồm: Protein, lipid, hydrocacbon và các dẫn xuất như cellulose, acid amin. Hàm lượng các chất vô cơ chiếm từ 20 -30%, bao gồm: đất, cát, bụi muối phosphate, muối nitrat, ion Cl^-, SO₄ ^2-, PO₄ ^3-.


Ngoài ra, nước thải trong chăn nuôi còn chứa rất nhiều vi sinh vật. Các vi sinh vật này là những tác nhân gây ô nhiễm nguồn nước, chúng bao gồm các nhóm: vi khuẩn điển hình như: E.coli, Streptococcus sp, Salmonella sp, Shigenla sp,Proteus, Clostridium sp…đây là các vi khuẩn gây bệnh tả, lỵ, thương hàn, kiết lỵ. Các loại virus có thể tìm thấy trong nước thải như: corona virus, poio virus, aphtovirurrus… và ký sinh trùng trong nước gồm các loại trứng và ấu trùng, ký sinh trùng đều được thải qua phân, nước tiểu và dễ dàng hòa nhập vào nguồn nước.


 
Tổ chức Y tế Thế giới đã cảnh báo, nếu không có biện pháp thu gom và xử lý chất thải chăn nuôi sẽ ảnh hưởng rất lớn đến sức khỏe con người, vật nuôi và gây ô nhiễm môi trường nghiêm trọng. Đặc biệt là các virus biến thể từ các dịch bệnh như lở mồm long móng, dịch bệnh tai xanh ở heo có thể lây lan nhanh chóng và có thể cướp đi sinh mạng của rất nhiều người.


 
Theo Tổng cục Thống kê, đàn lợn cả nước hiện có 27,2 triệu con, đàn gia cầm có 327,1 triệu con. Đàn trâu cả nước ước tính có 2,6 triệu con, đàn bò có 5,3 triệu con, đàn bò sữa có 253,7 nghìn con. Phân của vật nuôi chứa nhiều chất chứa nitơ, phốt pho, kẽm, đồng, chì, Asen, Niken(kim loại nặng)… và các vi sinh vật gây hại khác không những gây ô nhiễm không khí mà còn làm ô nhiễm đất, làm rối loạn độ phì đất, mặt nước mà cả nguồn nước ngầm.  

Theo đó là gần 14,5 triệu tấn thức ăn chăn nuôi được sản xuất từ  203 nhà máy. Quá trình sản xuất thức ăn chăn nuôi từ các nhà máy đã thải ra môi trường lượng rất lớn chất khí gây hiệu ứng nhà khí kính (GHG)và các chất thải khác gây ô nhiễm môi trường.



Ngoài ra, ô nhiễm môi trường còn có thể xảy ra trong quá trình giết mổ, sơ chế  sản phẩm động vật; trong các cơ sở sản xuất thuốc thú y, chẩn đoán xét nghiệm bệnh động vật;Trong quá trình xử lý các ổ dịch và xử lý xác động vật bị dịch bệnh…là không nhỏ. Quá trình sinh sống của gia súc, gia cầm ngoài thải ra chất thải như nói trênthì còn bài thải các loại khi hình thành từ quá trình hô hấp của vật nuôi và thải ra các loại mầm bệnh, ký sinh trùng, các vi sinh vật có thể gây hại trực tiếp hoặc gián tiếp đến sức khỏe con người và môi trường sinh thái như: E. Coli, Salmonella, Streptococcus fecalis, Enterobacteriae.



Do vậy, để giảm thiểu ô nhiễm môi trường, các hộ chăn nuôi cần chăn nuôi gia súc, gia cầm phải được quy hoạch phù hợp theo vùng sinh tháicả về số lượng, chủng loại để không bị quá tải gây ô nhiễm môi trường. Đặc biệt là những khu vực có sử dụng nguồn nước ngầm hoặc nguồn nước sông hồ cung cấp cho nhà máy nước sinh hoạt thì công tác quy hoạch chăn nuôi càng phải quản lý nghiêm ngặt.



Khi xây dựng trang trại chăn nuôi cần phải đủ xa khu vực nội thành, nội thị, khu đông dân cư đồng thời đúng thiết kế và phải được đánh giá tác động môi trường trước khi xây dựng trang trại. Người chăn nuôi phải thực hiện tốt quy định về điều kiện chăn nuôi, ấp trứng, vận chuyển, giết mổ, buôn bán gia súc, gia cầm và sản phẩm của chúng.



Các cấp chính quyền và cơ quan chức năng cần hướng dẫn người chăn nuôi thực hiện đúng theo quy hoạch, đúng theo Pháp lệnh giống vật nuôi, Pháp lệnh thú y và các quy chuẩn trong chăn nuôi. Việc quy hoạch chăn nuôi và rà soát lại quy hoạch phải thực hiện định kỳ vì đây là biện pháp vĩ mô quan trọng góp phầngiảm thiểu ô nhiễm môi trường.