Theo khảo sát của Trung tâm Quan trắc môi trường Quốc gia – Tổng cục Môi trường (Bộ Tài nguyên và Môi trường), hiện trạng môi trường nước mặt ở nước ta nhiều nơi bị ô nhiễm nghiêm trọng. Miền Bắc tập trung đông dân cư (đặc biệt là Đồng bằng sông Hồng) một lượng lớn nước thải công nghiệp, làng nghề hầu hết đều chưa được xử lý và xả trực tiếp vào các kênh mương và chảy thẳng ra sông tạo áp lực lớn đối với môi trường nước.
 
 
Một số sông ở vùng núi Đông Bắc như: Chất lượng sông Kỳ Cùng và các sông nhánh trong những năm gần đây giảm sút xuống loại A2, sông Hiến, sông Bằng Giang còn ở mức B1. Đầu nguồn (Lai Châu, Lào Cai, Yên Bái, Hà Giang) vài năm gần đây mùa khô xuất hiện hiện tượng ô nhiễm bất thường trong thời gian ngắn 3 – 5 ngày. Sông Hồng qua Phú Thọ, Vĩnh Phúc hầu hết các thông số vượt QCVN 08:2008 – A1, một số địa điểm gần các nhà máy như đoạn sông Hồng từ Cty Super Phốt phát và hóa chất Lâm Thao đến khu Công nghiệp phía nam thành phố Việt Trì các thông số vượt ngưỡng B1. So với các sông khác trong vùng, sông Hồng có mức độ ô nhiễm thấp hơn.
 
 
Sông Cầu thời gian qua nhiều đoạn đã bị ô nhiễm nghiêm trọng, nhất là các đoạn sông chảy qua các đô thị, khu công nghiệp và các làng nghề thuộc tỉnh Thái Nguyên, Bắc Giang, Bắc Ninh. Sông Ngũ Huyện Khê là một trong những điển hình ô nhiễm trên lưu vực sông Cầu và tình trạng ô nhiễm nặng gần như không thay đổi. Lưu vực sông Nhuệ – Đáy nhiều đoạn bị ô nhiễm tới mức báo động, vào mùa khô giá trị các thông số BOD5, COD, TSS… tại các điểm đo vượt QCVN 08:2008 loại A1 nhiều lần. Sông Nhuệ bị ô nhiễm nặng sau khi tiếp nhận nước từ sông Tô Lịch. Lưu vực sông Mã riêng thông số độ đục rất cao, do lượng phù sa lớn và hiện tượng xói mòn từ thượng nguồn.
 
 
Miền Trung và Tây Nguyên có một số khu vực chất lượng nước giảm do việc đổi dòng phục vụ các công trình thủy lợi (hiện tượng ô nhiễm trên sông Ba vào mùa khô). Nguồn ô nhiễm chính khu vực Đông Nam Bộ là nguồn ô nhiễm nước mặt chủ yếu do nước thải công nghiệp và sinh hoạt. Sông Đồng Nai khu vực thượng lưu chất lượng nước tương đối tốt nhưng khu vực hạ lưu (đoạn qua thành phố Biên Hòa) nước sông đã bị ô nhiễm.
 
 
Sông Sài Gòn trong những năm gần đây mức độ ô nhiễm mở rộng hơn về phía thượng lưu. Sông Thị Vải các khu vực ô nhiễm trước đây đã từng bước được khắc phục một số điểm ô nhiễm cục bộ. Hệ thống sông ở Đồng bằng sông Cửu Long nước thải nông nghiệp lớn nhất cả nước (70% lượng phân bón được cây và đất hấp thụ, 30% đi vào môi trường nước). Vì vậy chất lượng nước sông Tiền và sông Hậu đã có dấu hiệu ô nhiễm hữu cơ (mức độ ô nhiễm sông Tiền cao hơn sông Hậu). Sông Vàm Cỏ bị ô nhiễm bởi nhiều yếu tố: Hoạt động sản xuất từ nhà máy, khu dân cư tập trung. Sông Vàm Cỏ Đông có mức độ ô nhiễm cao hơn sông Vàm Cỏ Tây.
 
 
Theo đại biểu Quốc hội Vũ Thị Nguyệt (tỉnh Hưng Yên), thực tế khi về các vùng nông thôn thì không khó để có thể thấy tình trạng nước thải sinh hoạt chảy tràn ra đường, ao hồ, sông ngòi, vừa xấu về hình ảnh vừa gây khó chịu do mùi; rất nhiều hệ thống kênh mương có chiều dài vài km cũng có tình trạng như vậy. Hình ảnh những con sông êm đềm, xanh ngát đã dần dần thay thế bằng những dòng sông chết, bởi chúng phải hứng chịu chất thải sinh hoạt, chất thải chăn nuôi của người dân, bên cạnh nước thải từ các khu công nghiệp, khu chế xuất và khu làng nghề. Lượng nước thải này ngấm xuống đất làm ô nhiễm không chỉ nước mặt mà đối với cả nước ngầm, tồn tại từ năm này sang năm khác, ảnh hưởng trực tiếp tới sức khỏe, sinh hoạt, môi trường sinh thái cũng như sản xuất của người dân.
 
 
Hiện nay, nước thải sinh hoạt và nước thải chăn nuôi chỉ có một phần nhỏ là được xử lý, còn đa phần là thải trực tiếp ra môi trường hoặc tự thấm mà chưa được thu gom, xử lý triệt để đạt quy chuẩn kỹ thuật về môi trường. Nhiều cuộc giám sát về chất lượng nước mặt của các cơ quan chức năng cho thấy có nhiều thông số nguy hại vượt quy chuẩn quốc gia về môi trường. Theo nghiên cứu của Viện nước tưới tiêu và môi trường ở một địa phương về nước mặt, nước ngầm và hệ thống tưới tiêu cho thấy: Các ao, hồ có khoảng 13% mẫu nước ô nhiễm ở mức độ nghiêm trọng và không sử dụng được cho bất cứ một mục đích nào, 25% chỉ sử dụng được cho mục đích giao thông thủy lợi, 48% có thể sử dụng cho mục đích tưới tiêu và chỉ có khoảng 18% có thể sử dụng cho mục đích cấp nước sinh hoạt. Đối với nguồn nước ngầm thì các chỉ tiêu về xitrat, mangan, sắt, chì đều vượt các ngưỡng tiêu chuẩn.
 
 
Tình trạng ô nhiễm nguồn nước ở nông thôn có tác động rất lớn tới cuộc sống của người dân, về cảnh quan môi trường, về nguồn nước sinh hoạt và nhất là ảnh hưởng tới cây trồng, nuôi trồng thủy sản. Mặc dù, đây là nguồn ô nhiễm chất hữu cơ nhưng khi lượng chất hữu cơ này vượt quá khả năng tiếp nhận của nguồn nước thì sẽ tiêu thụ hết lượng ô-xy, dẫn đến các loài thủy sản không có ô-xy và bị chết. Tình trạng cá chết hoặc giảm năng suất, chất lượng của các loài thủy sản cũng khá phổ biến.
 
 
Ô nhiễm nước ảnh hưởng đến sức khoẻ con người bởi các hợp chất hữu cơ. Các hợp chất này thường độc và có độ bền sinh học cao, đặc biệt là các hidrocacbon thơm gây ô nhiễm môi trường mạnh, ảnh hưởng lớn đến sức khoẻ con người. Các hợp chất hữu cơ như: Phenol, chất bảo vệ thực vật như thuốc trừ sâu, linden, sevin, endrin và các chất tẩy hoạt tính đều là những chất ảnh hưởng không tốt đến sức khoẻ, nếu nhiễm phải nguy cơ gây ung thư rất cao.
 
 
Nguồn nước nhiễm kim loại nặng có độc tính cao như: Thuỷ ngân, chì, asen… nếu hàm lượng quá cao sẽ ảnh hưởng đến sức khoẻ con người, gây nhiễm độc trầm trọng sau đó dẫn đến rất nhiều bệnh như đột biến, ung thư.
 
 
Các vi khuẩn có hại trong nước bị ô nhiễm có từ chất thải sinh hoạt của con người, động vật có thể gây ra các bệnh tả, bại liệt và thương hàn. Trong một vài nghiên cứu cho thấy, khi sử dụng nước nhiễm asen để ăn uống, con người có thể mắc bệnh ung thư da. Người nhiễm chì lâu ngày có thể mắc bệnh thận, thần kinh, nhiễm Amoni, nitrat, nitrit gây bệnh da xanh, thiếu máu. Nếu nhiễm lưu huỳnh lâu ngày, con người có thể bị bệnh về đường tiêu hoá. Nhiễm natri gây bệnh tim mạch và cao huyết áp.
 
 
Thống kê và đánh giá của Bộ Y tế và Bộ Tài Nguyên môi trường trung bình mỗi năm ở Việt Nam có khoảng 9.000 người tử vong vì nguồn nước và điều kiện vệ sinh kém và gần 200.000 trường hợp mắc bệnh ung thư mới phát hiện, mà một trong những nguyên nhân chính là sử dụng nguồn nước ô nhiễm.
 
 
Số liệu điều tra ở vùng có ô nhiễm cho thấy, phụ nữ ở các khu vực này mắc các bệnh về phụ khoa và da liễu tăng. Đáng lo ngại là tỷ lệ người dân mắc các bệnh về đường tiêu hóa, ung thư đang tăng và thực tế chúng ta cũng từng nghe nói tới các làng ung thư.
 
 
Nguyên nhân của tình trạng trên là do ở nông thôn điều kiện sinh hoạt còn khó khăn, cơ sở vật chất lạc hậu, các chất thải sinh hoạt và cả gia súc, gia cầm chưa qua xử lý đã thấm xuống các mạch nước ngầm, nếu sử dụng nước ngầm không xử lý sẽ có khả năng mắc các bệnh do nguồn nước gây ra.
 
 
Bên cạnh đó, việc lạm dụng phân bón và các chất bảo vệ thực vật trong sản xuất nông nghiệp dẫn đến các kênh mương, sông hồ bị ô nhiễm ảnh hưởng đến sức khỏe con người. Nước thải sinh hoạt ở khu vực nông thôn hầu như chưa được xử lý mà đều để tự ngấm hoặc đổ thẳng ra môi trường; đầu tư cơ sở hạ tầng ở nông thôn chưa được quan tâm ở các giai đoạn trước đây, rất nhiều địa phương chưa có hệ thống thu gom và xử lý nước thải sinh hoạt cũng như nước thải trong chăn nuôi.
 
 
Để khắc phục tình trạng ô nhiễm nguồn nước cần phải có chính sách, kế hoạch cụ thể, lâu dài và yếu tố quan trọng nhất là có sự chung tay của toàn xã hội. Do đó, trước hết, cần đẩy mạnh tuyên truyền cho người dân về tác động của ô nhiễm nguồn nước đến môi trường cũng như sức khỏe của mỗi người. Đồng thời, khuyến khích người dân vùng nông thôn áp dụng giải pháp khắc phục ô nhiễm bằng cách xây dựng hầm tự hoại, cải tiến để xử lý nước thải, tránh xả trực tiếp nước thải sinh hoạt, phân, nước tiểu ra môi trường bên ngoài; cải tiến công tác sản xuất nông nghiệp bằng cách dùng phương pháp tự nhiên để tạo dinh dưỡng cho đất, kết hợp với sử dụng cây trồng kháng sâu bệnh tốt để hạn chế sử dụng các hóa chất độc hại. Bên cạnh đó, Nhà nước cũng cần đẩy mạnh đầu tư các công trình xử lý nước thải, rác thải đạt chuẩn, và nghiên cứu các biện pháp khắc phục ô nhiễm hiệu quả.