Cụ thể, ngành nông nghiệp tiêu thụ khoảng 11 triệu tấn phân bón/năm, trong đó canh tác lúa chiếm 65% tổng lượng phân bón tiêu thụ. Hầu hết nông dân trồng lúa sử dụng phân bón cao hơn mức khuyến cáo và chỉ khoảng 45-50% lượng phân bón sử dụng hiệu quả, còn lại bị rửa trôi gây ô nhiễm nguồn nước.
 
 
Bên cạnh đó, mỗi năm Việt Nam có khoảng 84,5 triệu tấn chất thải chăn nuôi thải vào môi trường, trong đó 80% không qua xử lý. Trong đó, có nhiều làng nghề truyền thống với quy trình sản xuất thủ công, lạc hậu, quy mô nhỏ lẻ, phân tán khiến phần lớn nước thải không qua xử lý thải vào môi trường.
 
 
Không chỉ ô nhiễm nước mặt, các nguồn nước ngầm ở một số vùng nông thôn cũng bị ô nhiễm nặng. Theo báo cáo, tại một số địa phương như: Bắc Ninh, Hà Nam, Nam Định… nước ngầm đã có dấu hiệu ô nhiễm chất hữu cơ (N03-, NH4+), kim loại nặng (Fe, As) và đặc biệt ô nhiễm vi sinh (Coliform, E.Coli) đe dọa đến hoạt động sản xuất nông nghiệp và ảnh hưởng nghiêm trọng tới sức khỏe người dân.
 
 
Tình trạng ô nhiễm nguồn nước đã khiến tỷ lệ người dân nông thôn mắc các bệnh liên quan đang có xu hướng tăng lên. Trong đó, sốt rét là một trong những bệnh phổ biến nhất, tiếp đó là các bệnh khác như: Dịch tả, thương hàn, kiết lị, viêm gan, viêm đa cơ, các bệnh liên quan đến da, hô hấp, thậm chí là ung thư.