Từ kết quả điều tra, khảo sát, lấy mẫu và phân tích nguồn nước tại 292/1350 làng nghề (giai đoạn 2017 – 2020), có tới 139 làng nghề ô nhiễm nghiêm trọng. Do phần lớn nước thải đều được xả thải thẳng ra môi trường khiến hệ thống nước mặt cũng như nước ngầm tại các làng nghề bị ô nhiễm nghiêm trọng trong nhiều năm qua.
 
 
Bên cạnh đó, theo con số ước tính của Sở NN&PTNT thành phố, trong năm 2020, số lượng đàn gia súc, gia cầm tiếp tục tăng, kéo theo lượng chất thải từ quá trình chăn nuôi cũng ngày càng nhiều. Với số lượng chăn nuôi như hiện nay, lượng chất thải rắn thải ra từ chăn nuôi gia súc khoảng 2,5 triệu tấn/năm, gia cầm khoảng 600 nghìn tấn/năm.
 
 
Trong đó, chất thải phát sinh từ quá trình chăn nuôi lợn là chủ yếu, xả thẳng ra môi trường hoặc qua hệ thống hầm khí sinh học (biogas). Tuy nhiên, hệ thống biogas lại chỉ phát huy hiệu quả đối với các cơ sở chăn nuôi dưới 100 con, còn các cơ sở chăn nuôi lớn, tập trung từ hàng nghìn con trở lên thì hệ thống này bị quá tải.
 
 
Đối với chất thải rắn từ nguồn thải sinh hoạt trong toàn thành phố đang được đưa về khu xử lý tập trung với khối lượng khoảng 6.500 tấn/ngày; riêng khu vực nông thôn khoảng 2.424 tấn/ngày. Đáng lo ngại hơn cả là khối lượng chất thải rắn từ các cụm công nghiệp, làng nghề hiện chưa thể thống kê cụ thể con số. Nguyên nhân do giá thu gom rác thải công nghiệp nguy hại khá cao nên nhiều doanh nghiệp, người dân còn đổ trộm hoặc tự ý đốt bỏ ở một số nơi vắng vẻ gây ô nhiễm môi trường và mất mĩ quan khu vực nông thôn.
 
 
Để khắc phục tình trạng trên, thành phố đã ban hành chính sách khuyến khích các tổ chức, cá nhân đầu tư công nghệ hiện đại, thân thiện môi trường trong xử lý môi trường khu vực nông thôn; đẩy nhanh tiến độ xây dựng các khu xử lý nước thải tập trung; nghiên cứu, quy hoạch, mở rộng cụm công nghiệp làng nghề để đưa các hộ sản xuất ra khỏi khu dân cư; xây dựng các mô hình thí điểm về: Ứng dụng công nghệ, tiến bộ kỹ thuật mới đối với làng nghề để giảm chất thải gây ô nhiễm môi trường từ đầu nguồn sản xuất, nâng cao giá trị và hiệu quả cho đơn vị sản xuất; ứng dụng công nghệ thu gom cơ bản chất thải rắn và xử lý chất thải rắn trong chăn nuôi lợn; phân loại rác tại nguồn và tái chế chất thải hữu cơ làm phân bón phục vụ sản xuất nông nghiệp…