Đầu tiên phải kể đến chế phẩm sinh học EM (Effective Microorganisms - các vi sinh vật hữu hiệu). Chế phẩm này do Giáo sư Tiến sĩ Teruo Higa – trường Đại học Tổng hợp Ryukyus, Okinawa (Nhật Bản) sáng tạo và áp dụng thực tiễn vào đầu năm 1980. Trong chế phẩm này có khoảng 80 loài vi sinh vật kỵ khí và hiếu khí thuộc các nhóm: Vi khuẩn quang hợp, vi khuẩn lactic, nấm men, nấm mốc, xạ khuẩn. Do chế phẩm EM1 chứa đựng đồng thời đa chủng vi sinh vật mang các tính năng khác nhau – cùng tồn tại trong một thể thống nhất, cộng hưởng lẫn nhau nên đã tạo ra tác dụng đa năng, có thể ứng dụng trong hầu hết các lĩnh vực sản xuất nông nghiệp, cũng như xử lý môi trường.
 
 
Điển hình như ứng dụng chế phẩm EM vào việc xử lý rác thải hữu cơ ở các bãi chôn lấp. Các chủng vi sinh vật có trong EM sẽ thúc đẩy sự lên men hữu cơ trong điều kiện kỵ khí. Độ ẩm của rác thích hợp cho quá trình lên men từ 40-50%.
 
 
Theo đó, rác thu gom được đổ lên bãi, san lấp đạt chiều cao mỗi lớp rác khoảng 20cm, hòa loãng EM thứ cấp (EM2) với nước sạch theo tỷ lệ: 1/50 hoặc 1/100 tùy thuộc vào độ ẩm của rác, thông thường pha theo tỷ lệ 1/100, phun đều lên bãi rác. Làm như vậy đối với từng lớp rác của mỗi đợt thu gom. Đến chiều cao 0,8-1,0m thì rắc EM Bokashi C (cám + mùn cưa), phủ đất 10cm để tạo sự lên men kỵ khí. Không sử dụng vôi bột và thuốc diệt côn trùng ở trên bãi chôn lấp, chỉ sử dụng ở nơi xung quanh bãi.
 
 
Sử dụng chế phẩm EM rất thích hợp cho việc xử lý rác thải tại hộ gia đình, nhất là các hộ có diện tích trồng cây và phân loại rác thải tại nguồn bởi họ có thể sử dụng rác thải sau khi xử lý bằng EM để bón cho cây trồng. Theo đó, trước khi bà con cho rác vào thùng chuyên dụng, rắc đều một lớp EM Bokashi C vào đáy thùng khoảng 40gr và lên vỉ ngăn cách 20gr. Mỗi lần bỏ rác vào thùng cần san đều và rắc đều lên bề mặt rác một lớp Bokashi C mỏng, dùng thìa (gỗ hoặc nhựa) hoặc dùng tay ấn chặt xuống. Nếu rác ít xử lý 1 lần/ngày, rác nhiều xử lý 2 lần/ngày vào trưa, tối hàng ngày. Lượng Bokashi cám rắc vào khoảng từ 20-40gr tùy theo lượng rác.
 
 
Nếu rác quá ẩm, trước khi cho chế phẩm vào nên vắt bớt nước đi. Nếu rác quá khô hoặc thấy xuất hiện mùi hôi, phun đều vào rác dung dịch EM2 pha loãng theo tỷ lệ 1/50 hoặc 1/100. Để quá trình lên men được tốt, độ ẩm của rác hữu cơ nên đảm bảo ở mức 30-50%. Hàng ngày mở vòi tháo nước rác ra. Nước này không có mùi hôi và có mùi chua là tốt. Chứa nước rác vào chai nhựa, hoà loãng nước rác với nước sạch theo tỷ lệ 1/100 để tưới cho cây. Khi rác đầy khoảng 80% thể tích thùng, đổ rác đã xử lý vào hố ngoài vườn và phủ đất. Sau 2-3 tuần lễ, rác biến thành mùn và đem bón cho cây. Các quy trình trên được lập lại khi xử lý cho thùng mới.
 
 
Bên cạnh đó, bà con có thể ứng dụng chế phẩm EM xử lý nước thải hữu cơ ngay đầu nguồn thải để giảm mùi hôi và tăng cường hiệu quả xử lý của hệ thống. EM sẽ tạo lập hệ vi sinh vật có ích trong môi trường để tăng cường khả năng tự làm sạch của hệ sinh thái bao gồm cả thực vật thủy sinh và động vật thủy sinh; ngăn chặn và xử lý không cho các loại tảo độc phát triển; điều chỉnh độ pH của nước theo tiêu chuẩn môi trường.
 
 
Đối với các loại nước thải được xử lý bằng công nghệ này, EM có thể tăng cường khả năng xử lý của hệ thống ở cả dạng kỵ khí và hiếu khí, đặc biệt hiệu quả khi xử lý nước thải có hàm lượng hữu cơ cao. Việc cho EM thứ cấp vào nước thải ngay từ đầu với tỷ lệ 1/1000 so với lượng nước thải, như là giải pháp cấy vi sinh vật để giúp cho quá trình phát triển sinh khối của vi sinh vật trong môi trường, từ đó dưới tác dụng của các vi sinh vật có ích thúc đẩy các quá trình oxy hóa – hóa sinh phát triển.
 
 
Thứ hai là men ủ thức ăn chăn nuôi, đây là một loại chế phẩm sinh học, dùng để trộn với những phụ phẩm trong nông nghiệp như: Thân ngô, cỏ voi, bèo, dây khoai… tạo ra thức ăn hữu ích cho vật nuôi, giúp bà con tiết kiệm được chi phí chăn nuôi. Bà con sẽ không còn phải đốt bỏ những phụ phẩm này. Tiêu biểu như men vi sinh BTV có tác dụng khử uế chuồng trại, giúp vật nuôi có môi trường sinh trưởng trong lành, đảm bảo sức khỏe cộng đồng. Đây là loại men tiêu hóa cho vật nuôi hoặc dùng để ủ lên men các loại thức ăn của gia súc gia cầm. Với khả năng tăng cường quá trình ô xi hóa, men vi sinh BTV giúp quá trình ô xi hóa các chất đào thải triệt để và nhanh hơn, khử mùi hôi thối của chuồng trại hiệu quả, cải thiện môi trường nuôi trong lành.
 
 
Tiếp theo là dấm gỗ - sản phẩm được tạo ra từ quá trình chưng cất gỗ thực vật, chứa khoảng 200 hợp chất hữu cơ khác nhau, chủ yếu là axit axetic và phenol, pH = 2 – 3. Sản phẩm mang tính kháng viêm, khuẩn cao và chống oxy hóa; tiêu diệt và xua đuỗi sâu rầy, nấm hại, côn trùng, vi khuẩn, ruồi muỗi, kiến, gián, chuột...; bảo vệ cây trồng, làm lành các vết thương thực vật sau bấm cành, tỉa đọt; kích thích ra rễ, tăng trưởng cây trồng; tăng cường mật số vi sinh vật trong đất; bảo quản nông sản sau thu hoạch; khử mùi hôi chuồng trại...
 
 
Kế đó là các dòng sản phẩm Microbe-Lift do Mỹ sản xuất, tập hợp nhiều chủng vi sinh vật khác nhau trong tự nhiên, trải qua nhiều giai đoạn trong quá trình lên men. Các vi sinh vật thích nghi ở cả môi trường hiếu khí, kỵ khí và tùy nghi, giúp tăng cường hiệu quả xử lý sinh học, khắc phục được tình trạng thiếu oxy trong cùng một bể sinh học.
 
 
Đặc biệt, ở môi trường hiếu khí và tùy nghi phải kể đến là Microbe-Lift IND (có thể dùng cho bể kỵ khí),  Microbe-Lift SA, Microbe-Lift N1. Mỗi dòng sản phẩm lại có một công dụng khác nhau như: Microbe-Lift IND dùng cho nước thải sinh hoạt, công nghiệp; bổ sung các vi sinh vật làm giảm hàm lượng BOD, COD, SS,…giúp cải thiện quá trình lắng, tạo một quần thể vi sinh vật phát triển. Microbe-Lift SA dùng cho xử lý bùn, phân hủy các hợp chất hữu cơ dễ dàng. Có thể dùng Microbe-Lift SA ở các bể chứa bùn của hệ thống hoặc kết hợp với Microbe-Lift IND xử lý nước rỉ rác. Microbe-Lift N1 giúp làm giảm hàm lượng Nito tổng trong hệ thống xử lý, tăng cường Nitrat hóa, giảm khí NH3.
 
 
Bên cạnh đó, còn có các dạng chế phẩm sinh học dạng bột dùng trong các hệ thống xử lý nước thải như: Men vi sinh Hiếu khí Jumbo A - tập hợp nhiều vi sinh vật bacillus subtilis, lactobacillus acidophilus, Aspergillus oryzae. Men vi sinh Jumbo A được bổ sung vào bể hiếu khí với mục đích chính là bổ sung vi sinh vật cho lớp bùn hoạt tính, để từ đó tăng cường hiệu quả xử lý BOD, COD, SS. Men vi sinh kỵ khí Jumbo G với thành phần gồm các chủng vi khuẩn lactic, bacillus và các enzyme nhằm bổ sung vi sinh kỵ khí cho bể kỵ khí, UASB, lọc sinh học.
 
 
Tiếp theo là chế phẩm sinh học xử lý nước thải bể hiếu khí Biotech-H01 có tác dụng phân hủy các thành chất hữu cơ, cặn bã và dùng để tăng cường quá trình phân hủy sinh học, giúp ổn định chất thải đầu ra. Theo đó, đối với bể hiếu khí, đổ Biotech-H01 phủ lên bề mặt hoặc phối trộn với lớp bùn hoạt tính. Tùy theo nồng độ nước thải ô nhiễm hữu cơ cao mà sử dụng theo tỷ lệ 100gr/ 1 lít bùn. Chế phẩm chỉ bổ sung lượng vi sinh vật cho bùn hoạt tính và không dùng để thay thế cho bùn hoạt tính.
 
 
Hay vi sinh xử lý nước thải Bionetix BCP10 được thêm vào hệ thống xử lý nước thải nhằm giảm hàm lượng BOD, COD, SS trong nước và giúp tăng cường sự phát triển vi sinh, giảm chết vi sinh, cải thiện chất lượng nước sau lắng.
 
 
Ngoài ra mật rỉ đường hay còn gọi là rỉ đường mía là một phụ phẩm của ngành sản xuất đường thu được sau khi kết tinh đường tinh thể, được sử dụng cho các ngành công nghiệp xử lý nước thải, thức ăn trong chăn nuôi, ngành thủy hải sản, sản xuất cồn công nghiệp, phân bón, ủ phân vi sinh, hoạt hóa (sinh khối) chế phẩm sinh học EM1 thành EM2.
 
 
Ứng dụng của mật rỉ đường trong xử lý nước thải là rất hữu dụng và ngày càng phổ biến. Trong quá trình xử lý nước thải tại các nhà máy sản xuất mà nguồn nước thải ra nghèo dinh dưỡng hoặc không có dinh dưỡng thì mật rỉ đường được xem là nguyên liệu rẻ tiền để bổ sung dinh dưỡng cho vi sinh hoạt động và phân hủy làm sạch nguồn nước. Mật rỉ đường sẽ giúp duy trì sinh khối, bổ sung chất dinh dưỡng, tăng cường sức đề kháng cho vi sinh vật xử lý.
 
 
Có thể thấy, để giải quyết vấn đề ô nhiễm môi trường do chất thải hữu cơ ở các khu vực ao hồ, chuồng trại chăn nuôi thì phương pháp xử lý chất thải bằng chế phẩm sinh học, với cơ chế dựa trên các hoạt động sống của vi sinh vật là phương pháp xử lý khá an toàn, vệ sinh và hiệu quả, an toàn cho môi trường, dễ sử dụng, giá thành thấp và cần được nhân rộng trong cả nước.