Theo tính toán, hàng năm, đàn vật nuôi tại nước ta thải vào môi trường khoảng 73 triệu tấn chất thải rắn (phân khô, thức ăn thừa) và 25-30 triệu khối chất thải lỏng (phân lỏng, nước tiểu, nước rửa chuồng trại), trong đó chất thải chăn nuôi lợn chiếm khoảng 24,38 triệu tấn/năm (tương đương 33,4%). Khoảng 50% lượng chất thải rắn (36,5 triệu tấn), 80% chất thải lỏng (20-24 triệu m3) không qua xử lý xả thẳng ra môi trường gây ô nhiễm nghiêm trọng.
 
 
Để xử lý chất thải chăn nuôi, hiện có các giải pháp như: Bổ sung vào thức ăn và chất thải chăn nuôi các men, chế phẩm sinh học nhằm hạn chế khí độc hại và vi sinh vật có hại; ứng dụng tiến bộ kỹ thuật thân thiện với môi trường. Tùy điều kiện cụ thể từng nơi để lựa chọn một trong 3 quy trình xử lý chất thải như: Bể lắng - hầm biogas - ao sinh học, hầm biogas - ao sinh học và hầm biogas - thùng sục khí - ao sinh học; trong đó trọng tâm là chăn nuôi theo mô hình VAC và sử dụng hầm biogas.
 
 
Hai biện pháp xử lý ô nhiễm môi trường được đánh giá có nhiều ưu điểm, là sử dụng công nghệ khí sinh học (Biogas) và sử dụng chế phẩm sinh học EM. Việc xây dựng các hầm Biogas để xử lý chất thải từ chăn nuôi là một biện pháp mang lại tác dụng lớn. Nguồn phân thải sau khi đưa vào bể chứa được phân huỷ hết, giảm mùi hôi, ruồi nhặng và kí sinh trùng hầu như bị tiêu diệt trong bể chứa này. Bên cạnh đó, sử dụng hầm Biogas còn có thể tái tạo được nguồn năng lượng sạch từ phế thải chăn nuôi, tạo ra khí CH4 phục vụ việc đun nấu, thắp sáng.
 
 
Thứ hai là ủ phân bằng phương pháp sinh học cùng với việc che phủ kín. Phân chuồng sau khi được lấy ra khỏi chuồng nuôi cần đánh thành đống. Trong quá trình đánh đống, phân được rải từng lớp một (mỗi lớp khoảng 20 cm) rồi rải thêm một lớp mỏng tro bếp hoặc vôi bột, cứ làm như vậy cho đến hết lượng phân có được. Sau cùng, sử dụng bùn ao hoặc nhào đất mịn tạo thành bùn để trát kín, đều lên toàn bộ bề mặt của đống phân. Cũng có thể sử dụng các tấm ny-lông, bạt,... để phủ kín đống phân. Làm như vậy trong quá trình ủ sẽ giảm thiểu các loại khí sinh ra (CO2, NH3, CH4,...) thoát ra môi trường. Đồng thời, trong quá trình ủ đống phân sẽ có hiện tượng sinh nhiệt, do vậy các mầm bệnh (trứng, ấu trùng, vi khuẩn, nấm, . . .) sẽ bị tiêu diệt, hạn chế phát tán, lây lan.
 
 
Thứ ba là xử lý nước thải bằng cây thủy sinh như: Cây muỗi nước (còn gọi là cây cần tây nước), cây bèo lục bình (bèo Nhật Bản). Đặc điểm nước thải từ các trại chăn nuôi chứa rất nhiều nitrogen, phosphorus và những hợp chất vô cơ có thể hoà tan được. Rất khó tách những chất thải này khỏi nước bằng cách quét rửa hay lọc thông thường. Tuy nhiên một số loại cây thủy sinh như bèo lục bình, cỏ muỗi nước có thể xử lý nước thải, vừa ít tốn kinh phí lại thân thiện với môi trường.
 
 
Cây muỗi nước là loại cây bản địa của vùng Đông Nam Á, thân và lá của nó có thể ăn sống hoặc chín như một loại rau. Nó sinh sản theo cách phân chia rễ và sinh trưởng tốt trong môi trường nước nông cho tới sâu 20cm. Cây bèo lục bình có nguồn gốc Nam Mỹ, sinh trưởng và phát triển nhanh, khỏe và nổi trên mặt nước.
 
 
Nước thải từ các chuồng gia súc trước tiên cho chảy vào bể lắng, để chất thải rắn lắng xuống đáy. Sau vài ngày cho nước thải trong chảy vào bể mở có bèo lục bình hoặc cỏ muỗi nước. Mặt nước trong bể được cây che phủ (mật độ khoảng 400 cây/bể). Nếu là bèo lục bình, bể có thể làm sâu tùy ý, đối với cỏ muỗi nước thì để nước nông một chút, độ sâu bể xử lý khoảng 30cm. Cỏ muỗi nước cần thời tiết mát mẻ, còn bèo lục bình phù hợp với thời tiết ấm. Kích cỡ của bể tùy thuộc vào lượng nước thải cần được xử lý. Ví dụ, chất thải của 10 con gia súc vào khoảng 456 lít, sẽ cần bể mỗi cạnh 6m, sâu 0,5m. Bể phải có tổng khối lượng 18m3 và diện tích bề mặt 36m2. Bể có thể chứa nước thải chuồng nuôi khoảng 30 ngày. Nước thải được giữ trong bể xử lý 10 ngày. Sau thời gian này, lượng phospho trong nước giảm khoảng 57-58%, trong khi 44% lượng nitơ được loại bỏ BOD5 (là phương pháp xác định mức độ vật chất hữu cơ trong nước); BOD5 giảm khoảng 80-90%. Những biện pháp xử lý nước thải theo cách này đáp ứng tiêu chuẩn tối thiểu. Nước thải ra sông hồ, suối một cách an toàn mà không cần xử lý thêm. Ngoài ra, các cây thuỷ sinh này có thể thu hoạch và dùng làm phân hữu cơ. Bản thân chúng có thể trực tiếp làm phân xanh hoặc phân trộn.
 
 
Thứ tư là sử dụng Zeolit, dung dịch điện hoạt hóa Anolit, các chế phẩm sinh học (EM). Trong đó Zeolit là loại vật liệu không gây độc đối với người và vật nuôi ứng dụng hiệu quả trong lĩnh vực nuôi trồng thủy sản, nông nghiệp, chăn nuôi, bảo vệ môi trường... được nghiên cứu và sản xuất thành công bởi các chuyên gia bộ môn Hóa hữu cơ, Khoa Công nghệ Hóa học, Đại học Bách khoa Hà Nội. Zeolite được sản xuất dưới dạng bột hoặc dạng viên xốp từ cao lanh tự nhiên sẵn có ở Việt Nam. Nhờ cấu trúc của cao lanh bị phá vỡ hoàn toàn và tự chúng sắp xếp lại tạo thành lỗ rỗng, nên nó có khả năng hấp phụ các ion kim loại, amoni, chất hữu cơ độc hại lơ lửng trong nước và tự chìm xuống đáy. Khi cải tạo ao, đầm, người sản xuất có thể khai thác chúng để tái chế làm phân bón phục vụ cho việc trồng trọt.
 
 
Ngoài ra, người ta còn có thể dùng loại sản phẩm này trộn lẫn với phân bón để tạo ra một loại phân bón phân huỷ chậm, vừa có tác dụng tiết kiệm lượng phân bón, giữ độ ẩm mà còn có tác dụng điều hòa độ pH cho đất. Chế phẩm Zeolite làm phụ gia thức ăn cho lợn và gà vì khi được trộn vào thức ăn chế phẩm sẽ hấp thụ các chất độc trong cơ thể vật nuôi, tăng khả năng kháng bệnh, kích thích tiêu hóa và tăng trưởng.
 
 
Viện Công nghệ Môi trường phối hợp với Trung tâm Chẩn đoán Thú y Trung ương, Cục Thú y, Trung tâm kiểm tra vệ sinh Thú y TW1, Viện Chăn nuôi quốc gia... đã nghiên cứu và khảo nghiệm thành công khả năng sử dụng dung dịch hoạt hóa điện hóa Anôlít làm chất khử trùng trong chăn nuôi. Dung dịch Anôlít đã được áp dụng tại nhiều nước tiên tiến như một chất khử trùng hiệu quả cao và thân thiện với môi trường. Dung dịch này có khả năng khử trùng nước sinh hoạt, bảo quản nông sản, chế biến thủy sản, sản xuất tôm giống, khử trùng trong các cơ sở y tế, chăn nuôi,... Ngoài ra, dung dịch Anôlít có tác dụng diệt virus H5N1 an toàn, không gây độc đối với sinh vật cấp cao, có thể được sử dụng làm dung dịch phun tiêu độc cho các cơ sở chăn nuôi. Các kết quả nghiên cứu hiệu quả khử trùng của Anôlít trên hiện trường sản xuất, chăn nuôi gia cầm tại Trung tâm nghiên cứu gia cầm Thụy Phương cũng đã cho nhận xét: Phương pháp khử trùng nền chuồng bằng Anôlít có thể áp dụng có hiệu quả đối với chuồng nuôi vừa xuất lứa hoặc đang chuẩn bị đưa vào nuôi lứa mới. Với Anôlít 250 ml/m2, mật độ tổng vi khuẩn hiếu khí giảm trung bình 2-3 bậc, trong khi Coliforms và Salmonella thực tế được loại hoàn toàn. Các thí nghiệm tương tự thực hiện với chất khử trùng Virkon-S 0,5%, cũng cho kết quả tương tự như khi khử trùng bằng Anôlít, song giá thành đắt hơn tới 6 lần so với việc sử dụng Anôlít.
 
 
Còn sử dụng chế phẩm vi sinh vật hữu hiệu EM trong chăn nuôi sẽ làm cho chất thải nhanh phân hủy, khử mùi tốt và giảm quần thể côn trùng ruồi muỗi, giảm nguy cơ lây lan dịch bệnh. Cho gia súc, gia cầm uống hoặc ăn thức ăn thô có trộn chế phẩm EM còn giảm được nguy cơ mắc bệnh đường ruột cho vật nuôi.
 
 
Thứ năm là chăn nuôi trên nền đệm lót với các vi sinh vật có ích. Hình thức chăn nuôi này còn được gọi là chăn nuôi với đệm lót sinh thái hay chăn nuôi đệm lót lên men. Thay vì nuôi các vật nuôi trên nền xi măng hoặc gạch cứng, người ta đã nuôi các con vật trên nền chuồng bằng đất nện, sâu hơn mặt đất (-, âm), trên nền chuồng rải một lớp đệm lót dày 60 cm và trên bề mặt đệm lót có phun một dung dịch men (hỗn hợp các vi sinh vật có ích). Đệm lót thường là các nguyên liệu thực vật như mùn cưa, trấu, thân cây ngô và lõi bắp ngô khô nghiền nhỏ... Bình thường, đệm lót sinh thái có thể sử dụng được trong 4 năm. Ngoài ra, trong quá trình nuôi, vật nuôi có thể ăn men vi sinh vật có trong đệm lót sẽ giúp tiêu hóa thức ăn tốt hơn, làm tăng khả năng hấp thu axit amin, qua đó tăng độ mềm, vị ngọt tự nhiên cho thịt so với sản phẩm làm ra từ chăn nuôi thông thường, đồng thời người chăn nuôi có thể tiết kiệm được 80% nước, 60% nhân lực, 10% chi phí thức ăn, thuốc thú y phòng trừ dịch bệnh. Đặc biệt, trong đệm lót chứa các vi sinh vật có lợi nên sẽ rất hiệu quả trong việc phòng chống các bệnh dịch có hại như lở mồm long móng, tai xanh, cúm...
 
 
Thứ sáu là điều chỉnh thành phần trong khẩu phần ăn. Một nhóm nghiên cứu đã thử nghiệm 3 công thức phối trộn, với các kết quả thu được qua thử nghiệm, họ đã chọn bài thuốc có ký hiệu là CP2, cho hiệu quả tốt nhất với các thành phần gồm: Mạch nha (25%), sơn trà (15%), thần khúc (20%), sử quân (5%), xa tiền (5%), ngưu tất (30%). Sử dụng chế phẩm CP2 với liều lượng 1.000g CP2/1 tấn thức ăn hỗn hợp cho nuôi lợn thịt sẽ cho khối lượng tăng trọng/ngày cao hơn đối chứng là 4,42%, tiêu tốn thức ăn/kg tăng trọng thấp hơn 9,58%; chi phí thức ăn/kg tăng trọng giảm 7,89%. Đối với chăn nuôi lợn nái, sử dụng CP2 với liều lượng như trên cho kết quả: Làm giảm đáng kể mùi hôi của chuồng nuôi lợn; ở chuồng nuôi lợn thịt, hàm lượng NH3 giảm 41,3% và hàm lượng H2S giảm 44,44% so với lô đối chứng. Ở chuồng nuôi lợn nái sinh sản, NH3 giảm 45,26%, H2S giảm 43,90% so với lô đối chứng.
 
 
Một nghiên cứu khác đã cho lợn vỗ béo ăn 4 khẩu phần khác nhau: KP1 dựa trên cơ sở là ngũ cốc ; KP2 dựa trên cơ sở các phụ phẩm nông nghiệp ; KP3 dựa trên cơ sở sắn củ và KP4 dựa trên cơ sở là bột củ cải đường. Phân và nước tiểu của lợn được thu để đánh giá mức độ phát xạ NH3. Các kết quả thu được đã cho thấy: Với các khẩu phần ăn khác nhau đã làm cho pH của hỗn hợp phân và nước tiểu của lợn, tương ứng với 4 khẩu phân trên là 8.9, 8.8, 8.83 và 8.07 (P,0.001) và mức thoát NH3 ra môi trường tương ứng là 32.7, 30.1, 31.1 và 17.12 mmol (P,0.001). Hệ số tương quan thu được giữa pH của hỗn hợp thải và lượng NH3 thoát ra là r = + 0.83. Như vậy rõ ràng có thể điều chỉnh thành phần của khẩu phần ăn ở lợn để làm giảm pH của hỗn hợp thải, nhờ đó mà có thể giảm thiểu sự thoát NH3 ra môi trường.
 
 
Có thể thấy, việc áp dụng các phương pháp xử lý chất thải chăn nuôi đúng cách và khoa học giúp bảo đảm vệ sinh môi trường khu vực chăn nuôi, hạn chế mầm bệnh trong không khí, giảm rủi ro dịch bệnh, đạt được mục tiêu kép vừa phát triển kinh tế, vừa bảo vệ môi trường và góp phần phát triển nền nông nghiệp bền vững.