Theo tính toán của cơ quan chức năng, hiệu suất sử dụng phân đạm khi bón vào đất chỉ đạt 30-45%; phân lân 40-45%; kali 40-50% tùy theo chất đất, giống cây trồng, thời vụ, phương pháp bón, loại phân bón. Từ thực tế này, cơ quan chức năng ước tính việc sử dụng phân bón đang gây lãng phí 30.000 tỷ đồng/năm. Đáng lo ngại hơn, một lượng không nhỏ dư lượng do không được cây trồng hấp thu sẽ tác động tiêu cực đến hệ sinh thái nông nghiệp, làm ô nhiễm nguồn nước, đất và có thể gây đột biến gen đối với một số cây trồng…
 
 
Thực tế cho thấy, để nâng cao năng suất cây trồng, bà con nông dân đã tăng lượng phân đạm gấp 2-3 lần, thậm chí 5-7 lần so với nhu cầu. Dư thừa đạm trong đất hoặc trong cây đều gây nên những tác hại đối với môi trường và sức khoẻ con người. Bón quá dư thừa hoặc bón đạm không đúng cách đã làm cho Nitơ và Phospho theo nước xả xuống các thủy vực là nguyên nhân gây ra sự ô nhiễm cho các nguồn nước. Các chất gây ô nhiễm hữu cơ bị khử dần do hoạt động của vi sinh vật, quá trình này gây ra sự giảm oxy dưới hạ lưu. Đạm dư thừa bị chuyển thành dạng Nitrat (NO3-) hoặc Nitrit (NO2) là những dạng gây độc trực tiếp cho các động vật thuỷ sinh, gián tiếp cho các động vật trên cạn do sử dụng nguồn nước (Tabuchi and Hasegawa, 1995).
 
 
Các nghiên cứu về y học gần đây đã xác định, dư thừa Phospho trong các sản phẩm trồng trọt hoặc nguồn nước làm giảm khả năng hấp thu Canxi vì chất này lắng đọng với Canxi tạo thành muối triphosphat canxi không hòa tan và tạo thuận lợi cho quá trình sản xuất para thormon, điều này đã huy động nhiều Canxi của xương, và nguy cơ gây loãng xương ngày một tăng, đặc biệt ở phụ nữ.
 
 
Thời gian gần đây, phân bón hữu cơ được sử dụng khá phổ biến ở một số vùng chuyên canh rau là một tín hiệu đáng mừng. Tuy nhiên, sử dụng các loại phân hữu cơ, đặc biệt là các loại phân ủ chưa hoai và rác thải chưa được chế biến, có thể gây ô nhiễm môi trường. Nếu trong phân có mầm bệnh cũng là một nguyên nhân gây mất an toàn cho rau.
 
 
Bên cạnh đó, phân bón bị rửa trôi theo chiều dọc xuống tầng nước ngầm chủ yếu là phân đạm vì các loại phân lân và kali dễ dàng được giữ lại trong keo đất. Ngoài phân đạm đi vào nguồn nước ngầm còn có các loại hóa chất cải tạo đất như: Vôi, thạch cao, hợp chất lưu huỳnh... Nếu như phân đạm làm tăng nồng độ nitrat trong nước ngầm thì các loại hóa chất cải tạo đất làm tăng độ mặn, độ cứng nguồn nước. Đồng thời, Anion NO3- trong phân bón có tính linh động cao nên dễ bị rửa trôi xuống các tầng sâu hoặc xuống các thủy vực, ô nhiễm các mạch nước ngầm, thủy vực. Từ đó có cơ hội gây bệnh cho người và động vật. Hàm lượng N, P, K thường cao trong phân bón vô cơ nên khi bị rửa trôi vào môi trường nước hoặc thấm qua các tầng đất tới các mạch nước ngầm làm lưu vực đó bị phì dưỡng, nước ngầm thì bị ô nhiễm và chứa các kim loại nặng. Phân bón đi vào nguồn nước mặt gây ảnh hưởng xấu như: Gây phì hóa nước và tăng nồng độ nitrat trong nước.
 
 
Bên cạnh đó, lạm dụng phân bón còn ảnh hưởng đến tính chất vật lý, hóa học, sinh học của đất như: Làm mất cấu trúc của đất, làm đất chai cứng, giảm khả năng giữ nước của đất, giảm tỷ lệ thông khí trong đất (Ví dụ dùng NaNO3 không hợp lý gây mặn hóa dất, thay đổi cấu trúc nước, không khí trong đất); phân vô cơ có khả năng làm mặn hóa do tích lũy các muối như CaCO3, NaCl, cũng có thể làm chua hóa do bón quá nhiều phân chua sinh lý như KCl, NH4Cl, (NH2)2SO4; phân vô cơ còn có thể gây hại đến hệ vi sinh vật trong đất do làm thay đổi tính chất của đất như pH, độ thoáng khí, hàm lượng kim loại nặng trong đất, ví dụ bón đạm nhiều cho đất có chứa vi khuẩn cố định ni-tơ sẽ làm giảm khả năng này của chúng…
 
 
Phân bón trong quá trình bảo quản hoặc bón vãi trên bề mặt gây ô nhiễm không khí do bị nhiệt làm bay hơi khí amoniac có mùi khai, là hợp chất độc hại cho người và động vật.
 
 
Gần đây, một số nhà máy sản xuất các loại phân bón hữu cơ sinh học, hữu cơ vi sinh sử dụng nguyên liệu là các phế, phụ phẩm cây trồng hoặc chăn nuôi hay nguyên liệu của quá trình sản xuất mía đường, bột sắn… với các công nghệ xử lý môi trường thô sơ đã gây nên ô nhiễm cho nguồn nước do thải ra các chất độc hại chưa được xử lý triệt để và thải các chất có mùi gây ô nhiễm không khí cho các khu vực dân cư sống lân cận.
 
 
Điển hình như phân bón được sản xuất từ nguồn nguyên liệu là rác thải đô thị, phế thải công nghiệp chế biến từ nông sản, thực phẩm, phế thải chăn nuôi để tận dụng nguồn hữu cơ, đồng thời giải quyết những vấn đề về môi trường cho các đô thị, các trại chăn nuôi tập trung, các nhà máy chế biến nông sản… Hiện nay đã có một số nhà máy sử dụng các nguồn nguyên liệu nêu trên để sản xuất ra các loại phân bón hữu cơ, hữu cơ sinh học, hữu cơ vi sinh để bón trở lại cho cây trồng. Các loại phân bón này sẽ gây nên sự ô nhiễm thứ cấp do có chứa các kim loại nặng hoặc vi sinh vật gây hại vượt quá mức quy định. Kết quả điều tra của Viện Thổ nhưỡng Nông hoá cho thấy trong số các kim loại nặng có thuỷ ngân, còn đối với các vi sinh vật gây hại thì Coliform là những yếu tố thường vượt quá mức cho phép ở nhiều mẫu phân bón được kiểm tra thuộc nhóm trên.
 
 
Để hạn chế tối đa lượng phân bón dư thừa trong đất do bón phân quá liều, nhiều chuyên gia ngành nông nghiệp khuyến cáo cần bón phân cân đối, hợp lý, phù hợp với cây trồng, đất trồng, khí hậu, kỹ thuật canh tác. Đồng thời, cần tăng cường mở các lớp tập huấn cho nông dân để họ có kiến thức chọn đúng loại và dạng phân phù hợp với cây trồng, tránh tình trạng bón phân vô tội vạ và không theo quy trình kỹ thuật.
 
 
Ngoài ra, cần triển khai hiệu quả chương trình 3 giảm (giảm lượng phân đạm, giảm thuốc bảo vệ thực vật, giảm lượng giống gieo trồng) để đạt 3 tăng (tăng năng suất, tăng chất lượng sản phẩm, tăng hiệu quả kinh tế). Cùng với đó, ngành nông nghiệp, các địa phương hướng dẫn nông dân sử dụng phân bón hợp lý theo nguyên tắc “4 đúng” (đúng chủng loại, đúng liều lượng, đúng thời gian, đúng phương pháp) nhằm cung cấp đầy đủ chất dinh dưỡng cần thiết để cây trồng cho năng suất, chất lượng tốt, tăng độ phì nhiêu cho đất.
 
 
Ngoài việc tuyên truyền cho nông dân hiểu đúng về kỹ thuật, các bộ, ngành liên quan phải làm tốt công tác quản lý hoạt động sản xuất, kinh doanh, tránh tình trạng phân bón giả, phân bón kém chất lượng lưu thông trên thị trường. Vì khi người dân mua phải loại phân bón này để sử dụng, hiệu quả vừa thấp, bị thiệt hại về kinh tế, vừa gây ô nhiễm môi trường.
 
 
Đồng thời, cần đẩy mạnh sử dụng phân bón hữu cơ với công nghệ sản xuất sạch, an toàn, vừa cung cấp các chất dinh dưỡng đa, trung và vi lượng cho cây trồng, vừa cung cấp cho đất một lượng mùn lớn để duy trì sự hoạt động của các sinh vật và vi sinh vật. Các chất dinh dưỡng trong phân hữu cơ được chuyển đổi từ những thành phần dễ phân hủy trong nguyên liệu hữu cơ như chất xơ, tinh bột, protein, amino acid… Từ đó phân hữu cơ giúp tạo ra các nông sản thơm ngon, chất lượng cao và góp phần quan trọng vào việc cải tạo, trả lại thảm thực vật của đất.