Tại một số vùng nuôi mật độ lồng bè nuôi phát triển dày đặc như vùng nuôi lồng bè đảo Trí Nguyên (thành phố Nha Trang) 239 lồng/ha. Khoảng cách giữa các bè nuôi <5m tại vùng nuôi Đầm Môn (huyện Vạn Ninh), Cam Bình, Cam Lập (thành phố Cam Ranh). Điều này đã tạo điều kiện cho dịch bệnh trên thủy sản phát triển, gây thiệt hại cho người nuôi.
 
 
Huyện Vạn Ninh hiện có khoảng 4.000 lồng nuôi cá biển và 17.000 lồng nuôi tôm hùm, hơn gấp đôi so với số lượng ô lồng được phép nuôi theo quy hoạch (8.500 lồng). Hiện nay, tỷ lệ tôm hùm nuôi hao hụt lên đến 30 - 50%, trong đó bệnh sữa trên tôm hùm xuất hiện quanh năm, gây thiệt hại khoảng 15 - 20%. Không chỉ tôm hùm, cá bớp cũng bị thiệt hại do mật độ thả nuôi quá dày cùng với việc thiếu oxy trong nước cho cá thở. Theo tiêu chuẩn về NTTS lồng, bè, số lượng cá thương phẩm đạt phải là 100 con/lồng (2 - 3 kg/con); trong khi đó người nuôi lại nuôi khoảng 200 con/lồng.
 
 
Bên cạnh đó, địa phương cũng gặp nhiều khó khăn trong việc quản lý lồng bè của người dân ngoài tỉnh. Theo thống kê chưa đầy đủ của các địa phương ven biển Vạn Ninh cho thấy, có ít nhất 262 hộ từ ngoài tỉnh đến nuôi ở vùng biển Vạn Ninh, với 707 lao động đang nuôi 13.141 lồng tôm hùm và cá biển. Nhiều hộ ngoài tỉnh nhờ người dân địa phương đứng tên để đầu tư nuôi thủy sản trên vịnh Vân Phong. Tình trạng lồng bè chen chúc khiến vùng nước bị ô nhiễm nghiêm trọng khiến tôm cá chết.
 
 
Điển hình như xã Vạn Thạnh hiện có 900 lồng nuôi cá biển và 7.520 lồng nuôi tôm hùm. Lượng thức ăn tiêu thụ mỗi ngày lên đến cả trăm tấn mồi tươi. Tháng 10-2018, người dân trong xã lao đao khi 10.000 con cá bớp và khoảng 40 - 50% lồng tôm hùm bị chết. Nguyên nhân chính do môi trường vùng nuôi bị ô nhiễm, chất lượng thức ăn cho tôm không đảm bảo, mật độ nuôi dày đã khiến các loại dịch bệnh lây lan.
 
 
Tại các xã Vạn Thắng, Vạn Hưng, đa số ốc hương nuôi từ 1 - 6 tháng bị chết đều có dấu hiệu bệnh đơ mày, sưng vòi. Trong tháng 9/2018, xã Vạn Thắng có khoảng 30% trên 9 ha ốc hương bị chết; xã Vạn Hưng có hơn 1 ha. Nguyên nhân do người dân sử dụng thức ăn tươi sống nuôi ốc hương, trong thức ăn này có nguy cơ gây nhiễm khuẩn cao. Bên cạnh đó, yếu tố môi trường và nước trong ao nuôi không đảm bảo cũng gây bệnh cho ốc. Mặc dù các ao nuôi ốc hương thường xuyên được thay nước nhưng nước xả ra không được xử lý - nước từ vùng nuôi bệnh này truyền sang vùng nuôi khỏe khác từ hệ thống mương cấp thoát nước chung, dẫn đến tình trạng dịch bệnh lây lan.
 
 
Tại các địa phương ven vịnh Cam Ranh, tình trạng rác thải, túi ni-lông trôi nổi trên mặt biển, bám vào các lồng bè nuôi tôm, cá đã cản trở việc lưu thông nước bên ngoài, trong lồng nuôi và theo sóng, gió tấp kín vào ven bờ.
 
 
Hiện trên khu vực vịnh Cam Ranh có hàng chục nghìn lồng nuôi san sát. Ngoài lượng chất thải từ việc NTTS không được thu gom đưa hết về bờ để xử lý mà tích tụ nhiều năm, còn có lượng rác lớn từ đất liền trôi theo kênh rạch ra biển, do người dân sống ven biển xả trực tiếp xuống biển. Không chỉ vứt rác bừa bãi, trước đây đã có trường hợp người nuôi khi gặp sự cố còn xả toàn bộ cá chết ra biển, cá tấp đầy bờ, khiến dịch bệnh lây lan nhanh.
 
 
Một trong những biện pháp hữu hiệu để nâng cao chất lượng môi trường vùng NTTS là giảm thiểu các nguồn gây ô nhiễm môi trường trên biển. UBND tỉnh đặt ra mục tiêu chung về việc lập quy hoạch chi tiết vùng NTTS tại khu vực thành phố nhằm sắp xếp, thiết kế vùng nuôi lồng bè, công tác quản lý nuôi lồng bè và một số hoạt động khác tại vịnh Nha Trang tuân thủ quan điểm, chủ trương phát triển kinh tế - xã hội của địa phương.
 
 
Theo đó, việc quy hoạch sẽ sắp xếp chi tiết việc phát triển NTTS bằng lồng truyền thống tại: Đảo Bích Đầm (6ha), đảo Trí Nguyên (14ha); vùng giao giữa đảo Bích Đầm và Đầm Bấy (50ha) là vùng nuôi công nghiệp (lồng Na Uy). Việc thực hiện quy hoạch giúp hạn chế ô nhiễm môi trường trên vịnh Nha Trang.
 
 
Đến năm 2020, vịnh Nha Trang chỉ còn khoảng 800 lồng nuôi cá, 1.000 lồng nuôi tôm hùm; sản lượng nuôi ổn định khoảng 100 tấn cá và 30 tấn tôm hùm. Đến năm 2025, giảm số ô lồng nuôi xuống còn khoảng 1.800 lồng; đến năm 2035 tiếp tục giảm số lồng nuôi xuống còn 1.300 lồng. Do đó, người dân cần tuân thủ nuôi đúng vùng quy hoạch, trong quá trình nuôi phải thu gom rác thải đưa về bờ, nên nuôi thưa lồng, kéo dãn bè nuôi ra vùng nước thông thoáng, tránh xa khu vực có tàu thuyền ra vào thường xuyên. Riêng ốc hương cần thay nước mỗi ngày và sử dụng các chế phẩm sinh học để cải tạo môi trường nước ao nuôi.
 
 
Bên cạnh đó, do có thông tin phản ánh từ người dân và rút kinh nghiệm của những năm trước - vào thời điểm giao mùa như tháng 9 âm lịch, là thời điểm xuất phát nhiều loại dịch bệnh và có thể là bùng phát các loài vi tảo trên khu vực vịnh Vân Phong, Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh Khánh Hòa cũng khuyến cáo các địa phương và người dân NTTS trên vịnh Vân Phong cần chú ý theo dõi hiện tượng tảo nở hoa.