Theo thống kê của Bộ NN&PTNT về chăn nuôi, cả nước hiện có khoảng 12 triệu hộ gia đình có hoạt động chăn nuôi và 23.500 trang trại chăn nuôi tập trung. Trong đó, phổ biến ở nước ta là chăn nuôi lợn (khoảng 4 triệu hộ) và gia cầm (gần 8 triệu hộ), với tổng đàn khoảng 362 triệu con gia cầm, 29 triệu con lợn và 8 triệu con gia súc, mỗi năm khối lượng nguồn thải ra từ chăn nuôi ra môi trường là một con số khổng lồ - khoảng 84,5 triệu tấn/năm, trong đó, chỉ khoảng 20% được sử dụng hiệu quả (làm khí sinh học, ủ phân, nuôi trùn, cho cá ăn), 80% lượng chất thải chăn nuôi thải ra môi trường gây ô nhiễm.


Nguyên nhân chính được xác định gây ONMT trong ngành chăn nuôi là do các trang trại sử dụng nhiều nước. Kết quả khảo sát cho thấy, các trang trại chăn nuôi sử dụng ít nước đều có thể dễ dàng thu gom chất thải rắn để bán làm phân bón hữu cơ. Chất thải rắn từ các trang trại nuôi gà hầu như được tiêu thụ hết cho mục đích trồng rau, hoa, cây cảnh; hiện nay hình thành tự phát một hệ thống thu gom phân trâu bò khô từ đồng bằng sông Cửu Long đến vùng Nam Trung bộ để bán cho các cơ sở chế biến phân bón hữu cơ tại Tây Nguyên phục vụ trồng cây công nghiệp như cà phê, tiêu, cao su; chất thải rắn thu gom từ chăn nuôi lợn nái (do nuôi lợn nái không được sử dụng nhiều nước) luôn được tiêu thụ tốt.


Do vậy, có thể nói trong chăn nuôi sử dụng ít nước, chất thải rắn từ chăn nuôi luôn có thể thu gom để bán nên không còn nhiều để thải ra môi trường; chỉ có chăn nuôi lợn thịt hoặc chăn nuôi bò sữa quy mô công nghiệp sử dụng nhiều nước (theo các quy trình chăn nuôi thâm canh quy mô lớn) mới là nguyên nhân chính gây ô nhiễm môi trường do chất thải lỏng từ các trang trại này không thể thu gom nên chỉ còn cách xả trực tiếp hoặc gián tiếp (thông qua các hầm khí sinh học (KSH)) xuống nguồn nước. 


Mặt khác, công tác quản lý môi trường chưa đáp ứng được với nhu cầu của thực tế sản xuất. Các quy chuẩn kỹ thuật quốc gia về nước thải chăn nuôi theo quy chuẩn Việt Nam 40:2011/BTNMT trước kia và QCVN 62-MT:2016/BTNMT hiện đều quá cao so với khả năng thực tế ứng dụng công nghệ xử lý môi trường hiện tại, dẫn đến hầu hết các trang trại đều không thể đáp ứng yêu cầu đặt ra do chưa có công nghệ xử lý môi trường chăn nuôi hiệu quả để theo kịp các quy định về xả thải môi trường.


Do khó có thể đáp ứng quy định xả thải nên ở nhiều nơi, việc áp dụng biện pháp xử lý môi trường của các trang trại chỉ mang tính đối phó. Vẫn còn tâm lý ưu tiên phát triển kinh tế, giảm nhẹ yếu tố môi trường ở nhiều cấp chính quyền địa phương nên việc quản lý và xử lý môi trường chăn nuôi còn mang nặng tính hình thức.


Để giảm thiểu tình trạng ô nhiễm môi trường trong chăn nuôi, cần triển khai đồng bộ các giải pháp như: Nhà nước cần ban hành các chính sách khuyến khích nghiên cứu, sản xuất và tiêu thụ phân bón hữu cơ sinh học có nguồn gốc từ chất thải chăn nuôi nhằm thay thế phân hóa học nhập khẩu. Mỗi năm Việt Nam tiêu thụ khoảng 11 triệu tấn phân bón, trong đó hơn 90% là phân bón hóa học, phân bón hữu cơ chỉ chiếm xấp xỉ 1 triệu tấn, bình quân mỗi ha canh tác nhận hơn 1 tấn phân bón hóa học mỗi năm, đây là mức cao so với các nước trong khu vực.


Khoảng 84,5 triệu tấn chất thải rắn do ngành chăn nuôi thải ra hàng năm, nếu các trang trại chăn nuôi được chuyển giao công nghệ tiên tiến để sản xuất phân bón hữu cơ từ chất thải chăn nuôi, nhằm giảm ô nhiễm môi trường chăn nuôi một cách bền vững.


Đồng thời, nghiên cứu công nghệ xử lý chất thải cho các quy mô chăn nuôi khác nhau theo hướng: Công nghệ KSH cải tiến cho chăn nuôi quy mô nhỏ và một số công nghệ bổ trợ khác nhằm khắc phục các hạn chế về quá tải hầm KSH; các thiết bị giúp sử dụng hết khí ga sinh ra từ các hầm KSH; công nghệ tách chất thải rắn từ phân lỏng do chăn nuôi quy mô công nghiệp sử dụng nhiều nước tạo ra nhằm xử lý hiệu quả hơn nước thải từ các trang trại chăn nuôi.


Bên cạnh đó, tích cực nghiên cứu xây dựng các quy trình chăn nuôi tiết kiệm nước nhằm tăng cường khả năng thu gom chất thải rắn của các trang trại chăn nuôi để phục vụ sản xuất phân bón hữu cơ; điều chỉnh quy định về xả thải chăn nuôi phù hợp hơn với điều kiện thực tế của các trang trại.


Các địa phương cần tuyên truyền cho người dân về tầm quan trọng của bảo vệ và xử lý môi trường trong chăn nuôi; yêu cầu 100% trang trại và hộ chăn nuôi ký cam kết bảo vệ môi trường nhưng chưa có quỹ đất để quy hoạch vùng chăn nuôi xa khu dân cư. Đối với địa phương có tốc độ phát triển mạnh, chính quyền địa phương cần quản lý chặt chẽ các hộ chăn nuôi trong khu dân cư, tuyên truyền, có chế tài xử lý nghiêm theo quy định của pháp luật về bảo vệ môi trường.