Theo số liệu của Ngân hàng Thế giới, với trên 7 triệu ha đất trồng trọt, mỗi năm Việt Nam sử dụng 2,5 – 3 triệu tấn phân bón vô cơ, trong đó khả năng hấp thụ của cây trồng chỉ từ 30 - 50%. Lượng phân bón không được hấp thụ tồn dư trong đất lớn, gây ra suy thoái đất và ô nhiễm nguồn nước.
 
 
Kết quả tổng hợp từ các địa phương cho thấy, đa số các hệ thống sông cấp nước cho trồng trọt tại các tỉnh và trên hệ thống lưu vực đều có hiện tượng ô nhiễm hữu cơ, vi sinh vật cao. Ngoài ra, rác thải nhựa để lại trên đồng ruộng sau khi thu hoạch và các hoạt động khác của con người đã ảnh hưởng không nhỏ đến dòng chảy của các hệ thống kênh mương, gây ô nhiễm nguồn nước.
 
 
Tiêu biểu như hệ thống thủy lợi Bắc Hưng Hải lớn nhất vùng đồng bằng sông Hồng, bao gồm đất đai của 4 tỉnh: Hải Dương, Hưng Yên, Bắc Ninh và thành phố Hà Nội. Những năm gần đây, tình trạng ô nhiễm trên toàn hệ thống kênh đang lên mức báo động.
 
 
Kết quả điều tra cho thấy khối lượng nước thải thuộc diện không phải cấp phép xả thải chiếm khoảng 70% tổng lượng nước thải bao gồm: Nước thải sinh hoạt, chăn nuôi, làng nghề, cơ sở sản xuất nhỏ lẻ. Đây là các nguồn thải hiện không thể kiểm soát và gần 100% nước thải thuộc loại này không được xử lý trước khi xả vào hệ thống Bắc Hưng Hải. Bên cạnh đó, 100% các xã trong Bắc Hưng Hải đã được công nhận đạt chuẩn NTM đều chưa có hệ thống xử lý nước thải. Khoảng 40 - 60% hộ chăn nuôi có Biogas nhưng công suất không đáp ứng và vận hành không đúng kỹ thuật nên chất thải sau xử lý không đạt yêu cầu. Nước thải trong khu dân cư được thu gom nhưng không được xử lý đều xả ra kênh, mương thủy lợi.
 
 
Việc lạm dụng thuốc bảo vệ thực vật (BVTV) và phân bón hóa học cũng ảnh hưởng không nhỏ tới môi trường thông qua nhiều con đường khác nhau, như: Không tuân thủ thời gian cách ly sau khi phun thuốc; tình trạng vứt bao bì hóa chất, thuốc BVTV bừa bãi sau sử dụng còn khá phổ biến khiến lượng thuốc còn dư đọng lại ngấm vào đất hay bị quăng xuống ao, hồ, sông; nước mưa chảy tràn qua các kho chứa đã bị xuống cấp; thói quen rửa bình bơm và dụng cụ pha chế hóa chất không đúng nơi quy định gây ô nhiễm nước...
 
 
Điển hình như huyện Đại Từ (tỉnh Thái Nguyên), việc lạm dụng thuốc BVTV trong canh tác nông nghiệp của người dân đã kéo dài khoảng 30 năm nay đã khiến mạch nước ngầm ô nhiễm không thể sử dụng. Nhiều gia đình dù trồng chè, lúa, hoa màu hay các loại cây ăn quả đã quen với việc phun thuốc, cứ cỏ dại mọc là phun, nhiễm bệnh phải phun và cây còi cọc thì cũng phun. Việc sử dụng quá nhiều thuốc BVTV diễn ra trong thời gian dài đã khiến cho chất đất, nguồn nước ngầm ô nhiễm không gia đình nào dám sử dụng.
 
 
Bên cạnh đó, một số nghiên cứu ở Việt Nam cho thấy, nước thải phát sinh trong quá trình chăn nuôi từ 3 đối tượng vật nuôi chính là: Trâu, bò và lợn khoảng 114 triệu m3, gồm nước tiểu, nước rửa chuồng, nước làm mát trong quá trình chăn nuôi. Trong đó, hệ số phát sinh nước thải trung bình từ hoạt động chăn nuôi tính trên đầu con vật như: Trâu, bò khoảng 12,5 lít/ngày; lợn khoảng 20 lít/ngày. Theo Báo cáo hiện trạng môi trường Quốc gia, tổng lượng nước thải phát sinh lên đến 6,66 triệu m3/ngày.
 
 
Chất thải chăn nuôi không qua xử lý khi thải ra môi trường gây ô nhiễm nguồn nước mặt và nước ngầm, môi trường đất và không khí, ảnh hưởng đến sức khỏe con người nghiêm trọng. Các chỉ số coliform trong nước thải khu vực chăn nuôi rất cao, có nơi cao gấp nhiều lần so với quy chuẩn cho phép, thậm chí ở cả khu vực chăn nuôi có sử dụng hệ thống công trình biogas.
 
 
Đối với thủy sản, theo Báo cáo Công tác bảo vệ môi trường ngành nông nghiệp, nông thôn của Bộ NN&PTNT, tình trạng ô nhiễm môi trường nước trong hoạt động nuôi trồng thủy sản chủ yếu do các chất hữu cơ dư thừa từ thức ăn, phân và các rác thải khác đọng lại dưới đáy ao nuôi. Ngoài ra, còn các hóa chất, kháng sinh được sử dụng trong quá trình nuôi trồng cũng dư đọng lại mà không được xử lý.
 
 
Nước thải với khối lượng lớn 3,6 tỷ m3/năm đang là vấn đề môi trường lớn đối với các vùng nuôi trồng thủy sản, nhất là vùng thâm canh cao, chưa kể đến các khu vực nuôi lồng bè. Vấn đề bùn thải cũng được nhiều địa phương nuôi trồng thủy sản đánh giá là vấn đề môi trường nghiêm trọng do có khối lượng lớn và là hệ quả của sự bồi lắng của thức ăn dư thừa, phân các đối tượng nuôi trồng thủy sản và là nguyên nhân lan truyền dịch bệnh trong thuỷ sản.
 
 
Tiêu biểu như tỉnh Quảng Nam hiện có diện tích nuôi trồng thủy sản hàng năm khoảng 3.000ha. Vài năm trở lại đây, nhiều người đào ao nuôi tôm khiến nguồn nước ngày càng bị ô nhiễm và bắt đầu xuất hiện các loại bệnh. Trong đó, vụ hè tôm chủ yếu bị bệnh hồng thân, đến vụ đông thì các loại bệnh thường gặp là bệnh gan và đường ruột đã khiến cho nhiều ao nuôi tôm chết hàng loạt.
 
 
Theo Chi cục Thủy sản tỉnh, hàng năm, trên địa bàn có trên 100ha tôm bị chết liên quan đến vấn đề môi trường, làm thiệt hại của người dân từ 10 - 20 tỷ đồng. Tiêu biểu như vụ tôm đầu năm 2021, nhiều hộ gia đình nuôi tôm ở các huyện: Duy Xuyên, Thăng Bình, Núi Thành và thành phố Tam Kỳ có hiện tượng chết hàng loạt. Theo thống kê, diện tích ao hồ có tôm nuôi bị chết đã lên đến 83ha. Đặc biệt, tại huyện Núi Thành có 30ha tôm bị các bệnh đốm trắng, hoại tử gan tụy cấp. Còn tại xã Tam Phú (thành phố Tam Kỳ) cũng có đến hàng chục ao nuôi có tôm chết chủ yếu bị bệnh hồng thân.
 
 
Nguyên nhân chính là do hệ thống ao nuôi không có hệ thống xử lý chất thải, nước thải phù hợp được tích hợp vào thiết kế của hệ thống ao nuôi thâm canh, nước thải với hàm lượng hữu cơ, chất dinh dưỡng cao từ ao nuôi sẽ làm ô nhiễm nước trong hệ thống ao nuôi và nước mặt xung quanh khu vực nuôi.
 
 
Để giải quyết ô nhiễm môi trường nước với mục tiêu đảm bảo phát triển nông nghiệp bền vững, cần phải có các giải pháp về kiểm soát ô nhiễm. Theo đó, cần chuyển đổi và áp dụng công nghệ canh tác, chăn nuôi và nuôi trồng thuỷ sản tiết kiệm và sử dụng hợp lý nguồn nước để giảm tối đa lượng nước thải bị ô nhiễm cần phải xử lý và kiểm soát chặt chẽ đối với nguồn nước có nguy cơ gây lan truyền ô nhiễm cao.
 
 
Hai là cần khuyến cáo rộng rãi việc xử lý nước thải bằng biogas, chú trọng công tác quy hoạch sản xuất nuôi trồng; đầu tư công tác nghiên cứu khoa học về các công nghệ chăn nuôi, nuôi trồng và sản xuất sạch. Ba là cần giám sát chặt chẽ sử dụng, mua bán, kinh doanh các hoá chất dùng trong nông nghiệp như: Phân bón, thuốc BVTV, tổ chức thu gom, xử lý tập trung chất thải rắn, chất thải nguy hại để hạn chế ảnh hưởng đến môi trường nước. Thứ tư là thành lập các vùng bảo vệ nguồn nước mặt ngay trong các trang trại hay vùng đệm xung quanh trang trại, đây là một trong những biện pháp có hiệu quả trong việc giảm thiểu di chuyển, lan tỏa ô nhiễm trong nguồn nước. Cuối cùng là tăng cường công tác tuyên truyền, phổ biến các văn bản quy phạm pháp luật và áp dụng các chế tài về bảo vệ môi trường nông nghiệp, nông thôn; nâng cao nhận thức về vai trò và trách nhiệm của các cấp, của mỗi người dân và cộng đồng trong công tác bảo vệ môi trường nông nghiệp, nông thôn, đặc biệt là đối với nước thải.