Theo tính toán, lượng chất thải rắn mà các loài vật nuôi có thể thải ra (tính theo kg/con/ngày) tương ứng là: Bò 10, trâu 15, lợn 2, gia cầm 0.2. Như vậy ở nước ta, hàng năm, đàn vật nuôi  thải vào môi trường khoảng 73 triệu tấn chất thải rắn (phân khô, thức ăn thừa) và 25-30 triệu khối chất thải lỏng (phân lỏng, nước tiểu và nước rửa chuồng trại).
 
 

Các nhà nghiên cứu đã ước tính rằng chăn nuôi gây ra 18% khí gây hiệu ứng nhà kính, làm cho nhiệt độ trái đất tăng lên (biến đổi khí hậu toàn cầu), lớn hơn cả phần do giao thông vận tải gây ra.

Trong đó, khoảng 50% lượng chất thải rắn (36,5 triệu tấn), 80% chất thải lỏng (20-24 triệu m3) xả thẳng ra môi trường, hoặc tái sử dụng nhưng không qua xử lý sẽ gây ô nhiễm môi trường nghiêm trọng. Ước tính một tấn phân chuồng tươi với cách quản lý, sử dụng như hiện nay sẽ làm phát thải vào không khí khoảng 0,24 tấn CO2; quy đổi thì với tổng khối chất thải nêu trên sẽ phát thải vào không khí 17,52 triệu tấn CO2.
 

Theo thống kê từ Sở NN&PTNT Hà Nội, toàn thành phố có 25,5 nghìn con trâu, 139,6 nghìn con bò, đàn lợn có 1.760 nghìn con, đàn gia cầm 38 triệu con. Với số lượng chăn nuôi như hiện nay, tổng lượng chất thải rắn thải ra từ chăn nuôi gia súc khoảng trên 2,5 triệu tấn/năm và từ chăn nuôi gia cầm thải ra khoảng 600 nghìn tấn/năm. Đặc biệt, trong chăn nuôi, ô nhiễm nước thải chủ yếu từ việc chăn nuôi lợn. Theo tính toán, chăn nuôi lợn thải bình quân ra môi trường khoảng 24 lít/con/ngày; như vậy đối với Hà Nội, sẽ có trên 422 triệu lít nước thải/ năm thải ra ngoài môi trường.
 
 
Tại huyện Đan Phượng, với 3.600 hộ dân và 25 trang trại, quá trình chăn nuôi làm phát sinh tổng khối lượng nước thải trên địa bàn khoảng 2.500m3/ngày đêm. Trong đó, 60% lượng nước thải chăn nuôi được xử lý sơ bộ bằng hầm biogas trước khi thải ra môi trường, phần nước thải chăn nuôi còn lại được thải trực tiếp ra môi trường.
 
 
Tại huyện Thanh Trì, tình trạng chăn nuôi nhỏ lẻ, manh mún vẫn chiếm tỷ lệ cao. Hiện toàn huyện vẫn còn 950/1.766 hộ chăn nuôi đang xả thẳng chất thải không qua xử lý ra môi trường, chiếm 53,8%.
 
 
Tại xã Vân Hòa, huyện Ba Vì- một trong những xã có nghề chăn nuôi bò sữa trọng điểm của huyện, bà con cho biết bình quân hàng ngày, mỗi con bò thải ra khoảng 7-10kg phân, 100-200 lít nước tiểu và nước tắm, rửa chuồng... Để xử lý khối lượng chất thải này, các hộ chăn nuôi thường đào hố trong vườn hoặc ngoài đồng ruộng để lưu chứa. Do các hố chứa chất thải chăn nuôi không có mái che và nắp đậy nên khi mưa to, nước thải tràn ra khiến cả làng bị ô nhiễm.
 
 
Theo Sở NN&PTNT Hà Nội, ô nhiễm nước thải chủ yếu từ sản xuất chăn nuôi lợn do phần lớn các trang trại hiện đang áp dụng các quy trình chăn nuôi sử dụng rất nhiều nước để làm mát, vệ sinh chuồng trại; chất thải lỏng trong chăn nuôi lợn xả thẳng ra môi trường hoặc qua hệ thống hầm khí sinh học (biogas). Chỉ một số ít cơ sở có hệ thống hồ lắng, hồ sinh học để lọc sạch nước thải chăn nuôi trước khi xả ra môi trường.
 
 
Mặc dù các hầm biogas được xây dựng theo đúng quy chuẩn, tuy nhiên hệ thống này chỉ phát huy đối với các cơ sở chăn nuôi lợn có số lượng dưới 100 con. Đối với qui mô chăn nuôi từ 100 con trở lên, đặc biệt là các cơ sở chăn nuôi lớn, tập trung từ hàng nghìn con trở lên thì đang gây quá tải cho hệ thống xử lý biogas, chất lượng nước thải ra môi trường không đảm bảo nên đã và đang gây ô nhiễm nghiêm trọng.
 
 
Hiện công tác thu gom chất thải chăn nuôi đang gặp nhiều khó khăn, đặc biệt là đối với các hộ chăn nuôi nhỏ lẻ. Các trang trại nằm xen kẽ trong khu dân cư có quỹ đất nhỏ hẹp, không đủ diện tích để xây dựng các công trình bảo vệ môi trường, xử lý chất thải…
 
 
Địa bàn thôn An Bồ, xã Dũng Tiến, huyện Vĩnh Bảo (thành phố Hải Phòng) hiện có 5 trang trại nuôi lợn đã đi vào hoạt động với qui mô bình quân 600 con/trang trại, được bố trí ở phía giáp đê, xa khu dân cư.
 
 
Trang trại của ông Phạm Minh Thoại - một trong những trang trại lớn ở khu vực này đang nuôi 1.500 con lợn trên diện tích 10 nghìn m2. Ông đã đầu tư hệ thống xử lý biogas để giảm ô nhiễm, mới đây ông còn mua thêm máy ép phân lợn. Với máy ép này, toàn bộ phần bã từ phân lợn thải ra được thu gom để bán lại cho nông dân làm phân bón cho cây trồng. Phần nước thải còn lại được thu vào hầm chứa biogas, xử lý qua ao lắng mới thải ra môi trường… Tuy nhiên, trên thực tế, tại trang trại của ông Thoại, hầm biogas vốn là hạng mục quan trọng nhất nhằm xử lý phần nước thải từ phân lợn đã bị xẹp lép; mặt bạt cao su của hầm bị thủng lỗ chỗ, mùi hôi thối từ đó bốc ra nồng nặc. Ông Thoại giải thích, gần đây, hầm biogas bị chuột cắn thủng cho nên xảy ra tình trạng nêu trên. Ông đã liên hệ với đơn vị thi công hầm để sửa chữa nhưng chưa thực hiện được.
 
 
Ở trang trại của ông Phạm Văn Xuân cũng vừa xuất chuồng hơn 1.000 con lợn; hiện ông đang tập trung khắc phục sự cố gây ô nhiễm môi trường của hầm biogas. Trang trại này phải hủy bỏ hầm biogas cũ do nhỏ, không bảo đảm dung lượng xử lý chất thải. Thay vào đó, đã đầu tư hơn 200 triệu đồng để lắp đặt bể biogas lớn hơn, đồng thời cải tạo hệ thống ao lắng và thoát thải cho phù hợp.
 
 
Tại thôn Vĩnh Trinh, xã Duy Hòa, huyện Duy Xuyên (tỉnh Quảng Nam), nước từ hệ thống xử lý nước thải tại trại chăn nuôi của Công ty TNHH Thái Việt Agri Group gây ô nhiễm môi trường nhiều năm nay song vẫn chưa được xử lý dứt điểm. Khi trời nắng gắt hoặc trở mưa giông, mùi hôi từ trang trại bốc lên nồng nặc. Nước thải có màu đen rò rỉ ra kênh dẫn nước gây ô nhiễm và ảnh hưởng khoảng 300 hộ xung quanh.
 
 
Hộ gia đình ông Phạm Sơn-thôn Tân Quý, xã Tam Vinh, huyện Phú Ninh (tỉnh Quảng Nam) chăn nuôi lợn với số lượng đàn hơn 30 con trong khu dân cư (vượt quy mô theo quy định là dưới 10 con), lại không có biện pháp xử lý chất thải khiến môi trường bị ô nhiễm. Mặc dù UBND xã đã yêu cầu ông Sơn phải đảm bảo quy mô theo quy định là dưới 10 con lợn; thường xuyên dọn dẹp, vệ sinh chuồng trại để không ảnh hưởng đến môi trường; xây dựng hầm biogas. Tuy nhiên, ông Sơn vẫn không đáp ứng các yêu cầu dù UBND xã nhiều lần cử tổ công tác xuống làm việc.
 
 
Tại các huyện biên giới Lộc Ninh, huyện Bù Đốp (tỉnh Bình Phước) có hàng trăm trại nuôi lợn quy mô lớn được xây dựng nhưng thiếu sự giám sát, kiểm soát của cơ quan chức năng nên đã xả thải gây ô nhiễm môi trường, ảnh hưởng đến cuộc sống của người dân.
 
 
Tiêu biểu như trang trại nuôi lợn của ông Bùi Quang Phiên ở ấp Thanh Sơn, thị trấn Thanh Bình, huyện Bù Đốp bên cạnh là một hồ nước đen kịt rộng hàng nghìn m2, bốc mùi hôi thối nồng nặc. Nước từ hồ này bằng nhiều cách thoát ra môi trường gây ảnh hưởng đến khu dân cư nơi đây. Nhiều hộ dân vì không chịu được tình trạng ô nhiễm nguồn nước và không khí nên phải chuyển nhà đi nơi khác sinh sống. Trang trại nuôi lợn này tồn tại gần 10 năm nay; những năm gần đây, chủ trang trại mở rộng quy mô nên mức độ ô nhiễm ngày càng trầm trọng, nhất là ô nhiễm đất và nguồn nước ngầm.
 
 
Hay như trang trại chăn nuôi lợn của Công ty TNHH Chăn nuôi N.L tại ấp Bù Tam, xã Hưng Phước, huyện Bù Đốp có quy mô 12.000 con cũng đang làm đảo lộn cuộc sống của 20 hộ dân sinh sống ở khu vực lân cận. “Từ 8-9 giờ sáng, 15-17 giờ chiều và sau 22 giờ đêm là không khí tại nơi này trở nên ngột ngạt, khó thở bởi mùi phân lợn và nhiều ruồi nhặng gây ô nhiễm trầm trọng.
 
 
Tại huyện Lộc Ninh, các trại chăn nuôi lợn tuy được bố trí xa khu dân cư nhưng tình trạng ô nhiễm vẫn khá nghiêm trọng. Hàng ngày, các trại chăn nuôi lợn xả thải ra môi trường một lượng nước lớn có mầu đen kịt và bốc mùi hôi thối. Điều đáng nói là nguồn nước xả thải này theo nhiều đường khác nhau đổ xuống thượng nguồn sông Sài Gòn, nơi cung cấp nguồn nước cho các nhà máy nước sạch ở hạ lưu. Điển hình như trại nuôi lợn Lộc Ninh 3 (ấp 9, xã Lộc Hưng), nước thải từ trong trại nuôi lợn có mầu đen kịt do chưa được xử lý triệt để vẫn chảy tràn ra cánh đồng lúa ở gần đó gây ô nhiễm môi trường.
 
 
Trước thực trạng trên, Sở TN&MT tỉnh đã tổ chức kiểm tra việc chấp hành các quy định pháp luật về bảo vệ môi trường đối với 48 trang trại chăn nuôi lợn trên địa bàn 2 huyện Lộc Ninh và Bù Đốp. Đoàn kiểm tra đã phát hiện 35 đơn vị chưa có giấy xác nhận hoàn thành các công trình bảo vệ môi trường phục vụ giai đoạn vận hành; 26 đơn vị xử lý nước thải chưa đạt quy chuẩn.
 
 
Có thể thấy, vấn đề môi trường đã và đang trở thành thách thức đối với hoạt động sản xuất nói chung và sản xuất nông nghiệp nói riêng. Để tránh những hệ lụy phát sinh do ô nhiễm môi trường từ các trang trại và tránh thiệt hại cho người chăn nuôi, chính quyền các địa phương cần rà soát lại tất cả các trang trại chăn nuôi hiện có để bảo đảm phát triển theo đúng quy hoạch và khắc phục ngay những thiếu sót, nhất là công tác bảo đảm vệ sinh môi trường, an toàn phòng, chống dịch bệnh. Tăng cường công tác quản lý nhà nước, chỉ cho phép các trang trại chăn nuôi tập trung hoạt động khi bảo đảm các yêu cầu đặt ra như: Đủ khoảng cách xa khu dân cư, có hệ thống xử lý chất thải đạt yêu cầu, trồng cây xanh cách ly và các yêu cầu về an toàn phòng, chống dịch bệnh...


Mặt khác, xử lý nghiêm các hành vi vi phạm, kiên quyết đóng cửa các trang trại không đáp ứng yêu cầu, hoặc cố tình vi phạm, để tình trạng ô nhiễm kéo dài, chậm khắc phục. Các cơ quan chức năng chuyên ngành cũng cần thực hiện việc kiểm tra, quan trắc môi trường định kỳ theo quy định đối với các khu chăn nuôi tập trung lớn để làm cơ sở cho việc xử lý vi phạm và công khai các chỉ số môi trường cho người dân tham gia giám sát. Đồng thời, có chính sách, cơ chế hỗ trợ các vùng chăn nuôi tập trung, các chủ trang trại trong việc xử lý chất thải, bảo đảm vệ sinh môi trường về kỹ thuật cũng như về cơ sở hạ tầng xử lý chất thải...